实习基因组数据分析.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 四种系统进化树构建方法 分化程度较大的远缘序列： 邻位相连法（neighbor-joining，NJ） 最小进化法（ME） 分化程度较小的近缘序列： 最大简约法（MP） 除权配对法（UPGMA） 进化树的可靠性分析 BootstrapMethod 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 至少进行100次重复取样 原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本 Original tree Bootstrap consensus tree 节点上的值为通过 Bootstrap检验的次数 不同树型 Tree:树型选择 Branch:分支信息修改 Label:分支名称修改 Scale:标尺设定 Cutoff:cutoff值 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 Cl