蛋白质结构与功能实验课-2010年.ppt

SignalP:预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 预测结果 蛋白质的疏水性预测可以根据gravy值来预测。GRAVY值的范围在2 与-2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值表明为亲水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的预测， 2.3 蛋白质亲疏水性分析 蛋白质亲疏水性氨基酸的组成是蛋白质折叠的主要驱动力。蛋白质折叠时会形成疏水内核和亲水表面，同时在潜在跨膜区出现高疏水值区域，据此可以测定跨膜螺旋等二级结构和蛋白质表面氨基酸的分布。 GFAP亲疏水性分布图，横坐标为序列位置，纵坐标为氨基酸的标度值。Hphob.kyteDoolittle 标度（default)定义疏水性氨基酸较高的打分值（0值表示疏水性,0值表示亲水性）。 除了图形输出，同时也提供文本形式输出 2.4 跨膜区结构预测 蛋白质疏水区域可作为评判潜在跨膜区的依据，但预测得到的疏水区并不一定就是跨膜区域。对于多次的跨膜区，则以亲水残基区和较长的疏水残基区交替出现；膜内外交界处多出现色氨酸，酪氨酸和苯丙氨酸。采用蛋白质疏水性分布图，可找寻至少20个以上的连续的大多数是疏水性氨基酸残基的区域。 TMpred为EMBnet 开发的在线分析蛋白质跨膜区软件, 可从EXPASY 直接链接/software/TMPRED_form.html,它基于对TMbase数据库的统计分析来预测蛋白质跨膜区和跨膜方向。 也可用TMHMM分预测P14136是否存在跨膜区 P14136：GFAP P14136预测结果 牛视紫红质蛋白（Swiss-Prot/TrEMBL AC:P02699)存在7个跨膜区,其跨膜区预测位置和TMpred预测结果基本吻合。 TMpred分析预测结果 三、蛋白质二级结构分析 PSIPRED预测平均准确率达到80%，网站http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/web_servers/ KEGG数据库中对P14136 motif 分析 四、蛋白质结构域与功能分析 4.1 Pfam是大规模收集蛋白质家族的数据库，网址为http://pfam.sanger.ac.uk 4.2 Prosite（www.expasy.ch/prosite/)通过分析蛋白质家族序列中保守和可变区域来搜索区别于其他家族的特征标志序列模式，即通过蛋白质家族多序列比对得到特征基序（motif). 通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。Prosite数据库使用正则表达式来表示序列模式，例如：[GSK]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-P-x-T.这里，方括号中为可选残基，如第一个方括号[GSK]中3个残基中甘氨酸G、丝氨酸S和赖氨酸L中的任意一个均可出现。x(2)表示可以有两个任意残基。{ }中列出不许出现的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxxxxRxxRxGxKPxT是其中一种可能的模式。Prosite提供几种序列分析工具，允许用户对未知蛋白质序列进行保守motif和家族分析，如Scanprosite,PRATT. 5、蛋白质三维结构分析 建模部分结果 预测蛋白模型评估：以原子经验平均力势计算每个氨基酸和周围环境的相互作用能量，能量越高越不稳定（为正值，红色表示），反之亦然（为负值，绿色表示）。 模板搜索结果：同源建模核心是参考模板蛋白的结构信息来构建未知蛋白的结构，合适的模板增加预测结构的可靠性 总结：GFAP为一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有较多的Glu，每个分子大约带9个负电荷。该蛋白无跨膜区域，并且亲水，不是膜蛋白。GFAP是一种结构蛋白，属于IF家族，主要参与中间纤维的构成，在神经元内环境的维持和血脑屏障中起着重要作用。到目前为止，该蛋白的空间结构尚未完全解析出来，有待于进一步研究。 作业 MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNL ELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNG DPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLA LTLIDTNRSRACHP