新非编码RNA及其基因的系统发现和“双色网络”构建2009CB825400-G.docVIP

项目名称： 新非编码RNA及其基因的系统发现和“双色网络”构建 陈润生 中国科学院生物物理研究所 2009.1至2013.8 中国科学院 二、预期目标 总体目标是：系统地发现非编码RNA及其基因；确定非编码RNA与各种生物大分子（DNA、RNA及蛋白质等）的相互作用；构建由RNA和蛋白质共同实现的典型pathway或生物网络（双色网络）；分析这类网络的数学、物理学特征；推断它们的生物学含义及可能的新规律。 五年预期目标是： 1、应用已有的和自己发展的RNA组学、tiling array、生物信息学等技术，在人、恒河猴、小鼠及线虫中系统地发现新的非编码RNA，其总数量不少于一千个， 并发现新的非编码RNA家族。 2、鉴定出一些在中枢神经系统形成和神经导向方面起关键调控作用的、在DNA损伤修复过程以及在骨骼肌发育中起重要调控作用的非编码RNA，并寻找与这些非编码RNA相互作用的靶分子。 3、基于上述实验结果在神经导向、DNA损伤修复或骨骼肌发育相关的pathway中至少构建出一种由非编码RNA和蛋白质共同构成的双色网络。建立该网络的数学模型，分析模型的数学、物理学特征，推断其生物学含义，以期发现新规律。 4、建立至少两种检测非编码RNA与其他生物大分子相互作用的方法；完善非编码RNA数据库--NONCODE和非编码RNA与其它生物分子相互作用数据库—Npinter。建立若干个与网络分析相关的软件，为整个研究提供技术平台。 5、发表SCI论文60篇，其中影响因子IF10的论文不少于5篇，影响因子IF5的论文不少于30篇。 6、培养博士生30-35名，硕士生20名。培养一支在国际国内有竞争力的从事非编码RNA研究的队伍。 三、研究方案 总体思路:基于系统生物学的观点，构建由功能非编码RNA和蛋白质共同参与的新的pathway或生物网络，进而从中发现新的生物学规律。本项目是将系统生物学、生物信息学和实验生物学紧密地结合在一起，是将创新的学术思想与严谨的科学验证紧密地结合在一起。 研究方案如下： 技术途径： 本项目的实施可分为三步，即：第一步大规模地发现新的非编码RNA及其基因。 第二步基于大量新发现的非编码RNA，从实验和理论两方面同时确定与各种非编码RNA相互作用的功能生物分子，包括蛋白质、RNA和DNA等。 第三步基于上两步的结果构建有非编码RNA参与的pathway或生物网络，并进一步提取这类网络的数学、物理学特征，最终确定其新的生物学含义，以便发现新的规律。 第一步的技术途径是： RNA组学技术。申请者的实验室已发展了一套从生物体内特异提取非编码RNA的技术, 并利用纯化的ncRNA建立非编码RNA的文库。通过对文库的测序,就能够在任何物种中发现候选的新的非编码RNA。经过Northern验证和生物信息分析后,就能确认该物种内最主要的非编码RNA的信息。当前在国际上我们的技术是效率最高的（附件一）。申请人将利用这套技术在人、恒河猴、鼠与线虫特定组织中发现新非编码RNA。 Tiling array技术。将采用Affymetrix 等公司最新发布的人、线虫全基因组tiling array芯片，使用申请者发展的Rnomics技术提取样品，杂交后得到非编码基因的表达谱。最后，使用生物信息学方法绘制其非编码RNA转录组图谱，从中寻找新非编码RNA。 高通量、快速的短串RNA测序技术。申请者的实验室已建立了类似Solixa的高通测序设备与技术，使用这套技术结合申请者实验室建立的非编码RNA提取技术，可以直接得到非编码RNA的短序列，然后使用生物信息学的方法得到全长非编码RNA。 使用基于序列与结构特征的非编码RNA基因预测软件和数据库。申请者已经构建完成了UCSC GenomeBrowser这一可视化基因组分析平台，拟利用Blat，BlastZ等新近开发的基因组规模的比对算法来比较在线虫、某些昆虫（蜜蜂、果蝇、家蚕等）、鸡、人以及高等植物中发现的非编码基因的保守性及种属特异性，并将其作出定位及功能预测；利用MFold, Infernal等工具对RNA作出二级结构预测，结合其定位以及种间保守的特征，利用隐马可夫模型(HMM)来整合信息，在此基础上探索新理论、新算法，构建新软件，并结合申请者开发的非编码RNA数据库—NONCODE一起用于新非编码RNA的发现。 第二步的技术途径是： 在这一步我们选择了三组典型pathway：中枢神经系统形成和神经导向pathway、DNA损伤修复pathway以及在骨骼肌发育中起重要调控作用的pathway。所以这样选取是因为本项目的申请者在这方面有很好的基础。下面以中枢神经系统形成和神经导向pathway使用的技术途径为例，加以说明（DNA损伤修复path