ling_7_RNA二级结构_找基因..pptVIP

§ 3. RNA二级结构预测 背景: 以前人们认为，绝大部分的RNA分子要么是蛋白质基因表达的信使分子(mRNA)，要么是协助完成基因表达的结构分子(tRNA和rRNA)。 但是，近几年来，人们发现了很多新的RNA分子，它们虽然也从基因组DNA中转录而来，它们不是tRNA和rRNA以及其他已知的RNA(如snRNA)，又不表达为蛋白质，因此也不是mRNA。不管是原核生物还是真核生物，都存在这类RNA分子，原核的情况下称为small RNA (sRNA)，真核的情况下通常称为 noncoding RNA (ncRNA)。 人们发现，这一类RNA分子起着非常重要的生物学功能，如影响发育过程、调节转录、影响染色体复制、对RNA进行加工和修饰、影响mRNA的稳定性进而影响翻译、甚至影响蛋白质的降解和转运，……，等等。 这一类RNA分子一般通过两种机制发挥功能：1. 和目标分子形成碱基配对, 如 RNAi ; 2. 形成空间结构, 如核酶(ribozyme)。 现在，越来越多的科学家开展了对这类RNA的研究，《SCIENCE》杂志连续几年将之评为十大热门研究领域之一。 在这种形势下，对RNA结构的预测就显得格外重要。 § 3.9.2 碱基对数目最大化(Nussinov)方法 文献: SIAM Journal of Applied Mathematics 35:68-82, 1978 具体算法： 将一段长度为L的RNA序列记为 b1,b2,……,bi,……,bj,……bL 并定义 回溯算法 从右上角（1，L）开始，放进堆栈。 选取不同的回溯路径得到不同的结构 § 3.9.3自由能最小化(Zuker)方法简介文献：Nucleic Acids Research 9:133-148, 1981 Methods in Enzymology 180:262-288, 1989 实际上，RNA折叠的真正动力是链内“相互作用”的而不是“数碱基对”。 Zuker方法是一种自由能最小化方法，它假设正确的结构应具有最低的自由能(?G)。 Zuker方法中?G被近似为来自loops, base pairs 及其他二级结构元素的贡献之和。 对于一个stem，其贡献计算为碱基对的“堆积能”而不是简单的各碱基对贡献之和。例如，一个有n个碱基对的stem, 其贡献是n-1个堆积能之和。 § 3.9.4 多序列alignment法的基本思路 一个生物分子，如果它主要依靠其结构发挥功能，则一般地其结构的保守性要高于其序列的保守性； 对于结构RNA中的stem，为了保证其结构不被破坏，就有了碱基“协同突变”的特点： § 3.9.5 网上RNA二级结构预测软件 Mfold server, 网址： /applications/mfold/cgi-bin/rna-form1.cgi Vienna RNA Package，网址：http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ 其中的程序RNAfold用的就是自由能最小化(Zuker)方法； GeneBee 服务器, 网址：http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html . . . . . . 注意: 同一个序列用不同的预测程序可能得到不同的结果； 如果一条较短序列是一条较长序列的子序列，即使用同一个程序预测，短序列的结构可能和长序列的相应部分的结构不同； 同一个序列同一个程序，但条件参数不同，也会得到不同的预测结构。 §3.10 找基因 §3.10.1 在基因组DNA序列中寻找编码区 基于编码区特征的方法 基于数据库的方法 注意两类假基因(pseudogenes) §3.10.2 基因的电脑克隆 §3.10.3 几个常用软件服务器 §3.10.1 在基因组DNA序列中寻找编码区基于编码区特征的方法 优点：不必依赖于数据库(不必学习和训练)，普适性强。 缺点：准确度低，特别是对于真核基因，由于其高度复杂性，预测的准确率更低。 1. 寻找长ORF 该方法较适用于原核生物，例如，我们从某种细菌中测得以下序列： MYSEQ1 310 bpggcgtcgccgccgatggcgcttaggcgtagcatggggtggccggggctacggccgctgctgctggcgggactggctaatctgctgctacccgggtctgcggccgcaggcctgaagctcatgggcgccccagttaagatgaccgtgtctcaggggcagtcagtgaagctcaactgcagcgtggaggggatggaggaccctgacatcca