Olex2单晶的可视化结构解析与精修.docxVIP

单晶的可视化结构解析与精修之Olex2软件的使用目录第1章 前言1.1 Olex2简介1.2关于Olex2的安装、引用和更新1.3 Olex2的图形化界面1.4 文件的建立第2章 晶体解析和精修2.1 前言2.2 打开结构2.3 解粗结构2.4 原子指认2.5 各项异性精修2.6 加氢2.7 精修权重2.8 历史记录2.9 结构整理原子重命名排序2.10其他问题第3章 无序处理3.1 无序处理方法3.2 无序类型及实例第4章 结构验证及画图4.1 完善CIF信息生成CIF文件4.2 结构验证4.3 生成图像第5章 总论5.1 空间群转换5.2 如何用olex2画叠合图5.3 解析的合理性5.4 绝对构型的问题5.5 解析实例第1章Olex2介绍1.1 Olex2简介Olex2是由英国杜伦大学化学系Dolomanov教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的可视化单晶解析软件。软件基于Python语言，现在已更新至1.2.7版本。Olex2具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而Shelxtl大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。Olex2具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手动保存。Olex2扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用platon。Shelxtl只能使用自带的XS和XL软件。Olex2自带多种实用工具，如solvent mask和twinning等。 Shelxtl所带的工具较少，仅有Xprep。Olex2是一个免费且不断更新的程序。本教程意在使大家熟悉Olex2视图画界面并使用该程序。1.2关于Olex2的安装、引用和更新1.2.1安装首先需要到网站（这个网站现在需要注册）上下载Olex2的最新版本，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且32位系统下载32位版本，64位版本下载64位版本。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路径名的文件夹里，如D:\c\olex2-win64中。不推荐使用其自带的解析和精修软件，你需要将Shelxtl软件包中的xl.exe和xs.exe（如果使用Shelxtl2013需要复制shelxl.exe和shelxs.exe）复制到Olex2所在文件夹中，如下图1-1所示。配置完后就可以使用了。图1-1如果需要使用Platon，需要去Platon下载platon.zip和pwt.zip，将platon.zip中的platon.exe和check.def复制到Olex2文件夹中，再将pwt安装后的salflibc.dll复制到Olex2文件夹中即可。如下图1-2所示。图 1-2其他软件如Sir、jana、SuperFlip等均可被Olex2支持。如果它们已经安装在你的计算机上的话，那么直接打开Olex2就可以使用它们。如果只有一个文件的话，像shelxl.exe一样直接复制到Olex2所在文件夹中就可以使用了。1.2.2如何引用Olex2O. V. Dolomanov, L. J. Bourhis, R. J. Gildea, J. A. K. Howard and H. Puschmann.OLEX2: a complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009,42, 339-3 Olex2的更新Olex2可以自动通过互联网更新。点击Help－Update options（图1-3），可以在弹出菜单中选择自动寻找更新频率和关闭自动更新功能。图1-31.3 Olex2 图形化界面Olex2 本身不是一个结构解析和精修程序。Olex2图形化界面分为以下四个部分:File MenuGraphics Window Main GUI PanelCommand Prompt①图示化主面板：该面板包含程序的主要特征，它分为四个级联面板对应相应的选项卡。a. Home：包含主要的信息，设置，教程和新闻。b. Work：包含三个级联面板– 解析，精修和报告。c. View：包含结构可视化，对称，几何计算和其它图形工具。d. Tools：包含创建图形，约束和限制，显示化学信息，加氢，无序模型，显示电子密度等命令e. Info：包含关于精修和衍射信息。②图形窗口：结构模型显示窗口，精修和其它的信心显示在下面。按Ctrl-T可切换结构和文本的出现。③命令行：在图形下面，可输入命令行。④文件菜单: Olex2的指令和特性在他旁边有个 标识,如果你点击它会显示工具的使用技巧和有用的帮助信息。Olex2图示化界面有一个颜色指示。绿色显示的参数表示非常好。暗绿色或黄色表示接近好。红色显示的是可疑的应该调查。1.4文件的建立在