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基础医学院成立于2001年1月，前身是基础医学部，始建于1959年。学院承担着全校各专业基础医学和部分公共基础课程的教学任务，负责2900名学生的教育和管理工作。学院下设1个学院办公室；人体解剖与组织胚胎学、生理学与病理生理学、病理学、病原生物学、免疫学、生物化学与分子生物学、细胞生物学与遗传学等7个学科系；数理与计算机学、外语等2个教学部。建有福建省基础医学实验教学示范中心，下设6个教学实验室。学院在病原生物学、病理学与病理生理学2个专业开展博士生培养工作，在10个专业开展硕士生培养工作。学院有1个省级“211”重点学科、4个省级重点学科和3个校级重点学科；6门省级精品课程、2门省优质硕士学位课程、4门省优质硕士学位立项建设课程；2个省高校重点实验室；3个研究中心及多个省内著名科研机构。拥有教职工269人，其中专任教师188人；博士37人、硕士85人；教授26人、副教授49人；博士生导师9人、硕士生导师41人；享受国务院政府特殊津贴的专家9人；全国优秀教师1人；福建省高等学校教学名师1人；1支省高校创新团队；入选国家级、省“百千万人才工程”人选12人；校学科带头人培养对象20人；校青年骨干教师42人。 五年制临床医学（临床病理学方向）专业 业务培养目标：培养具有基础医学、临床医学和病理专业知识及基本技能，能在各级医院从事临床病理学诊断工作，或在医学院校、医学科研机构从事教学