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SMRT Portal环化及纠点工作
环状基因组环化
,并环化如果结果是“complemented”,则先反转序列,再重新。:
导出连接好的染色体序列,“file”--“Export Consensus……”,命名结果文件。
最后保存consed记录,在,到此,基因组序列环化工作结束。skew
more temp.gc
可以看出复制起始点在1637K~1639K左右。选取一个平均数或者中位数,作为复制起始点。然后截取片段,连接,操作和第1种方法的操作相同。
质粒环化。
如果存在质粒序列,其环化工作与上述的基因组环化相同,不过质粒可能没有dnaA基因,而且GC skew不明显,那么此时的环化就只是单纯的将首尾的重复片段除掉一份,不需要调整。
基因组校点
组装一般使用bwa、samtools做map,得到snp、indel信息。
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