13第六章技巧.ppt

第六章 利用蛋白质序列进行预测的方法 第一节 概述 第二节 蛋白质辩识 PepMAPPER 第三节 对序列的物理性质进行计算 PeptideMass(ExPASy) SAPS giref|NP_004976.2| c-K-ras2 protein isoform b precursor [Homo sapiens] MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQ YMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKCDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIP FIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEKMSKDGKKKKKKSKTKCVIM 第四节 二级结构和折叠类型 nnpredict PredictProtein SOPMA 各种方法的比较 用户可提供一段原序列，也可提供SWISS-PROT标识，如果是后者，PeptideMass工具还能利用SWISS-PROT库中的信息进行改进计算：除去信号序列、在剪切之前引入已知的翻译后的修饰等。然后用户在“Select an enzyme”一项中选择想要的酶，点击perform 键即完成查询。 PeptideMass工具将输出的结果列成