《分子模型.ppt

分子模型 很多有机化合物的分子有多原子构成，具有很复杂的结构，分子的不同结构对化合物的化学性质有很大的影响，所以研究分子结构有很重要的意义，迄今为止，人们还未能建立一种能刻划所有分子结构的理论，但是人们已经成功地建立了一些分子结构的数学模型，利用电子计算机得出某些新的化合物的新结构，或事先用电子计算机给出某些新的化合物的结构造型，然后指导人工合成这种新的化合物。 在这一讲中，我们介绍一种将某些关联密切的化合物的分子图的特性数量化，从而建立揭示这些分子某种内在性质的数学模型，即对平面型碳氢化合物建立某分子结构的模型。 §1平面型碳氢化合物分子 平面型碳氢化合物是有机化学中一类很重要又是较为简单的化合物。根据化合价和化合键的理论，碳原子的化合价是4，氢原子的化合价是1。在一个分子中一个碳原子通过4根化合键与其它原子连结，而氢原子通过一根化合键与其它原子连接。 所谓平面型碳氢化合物是完全由碳原子和氢原子构成的化合物，构成分子的各原子大体分布在同一平面上。这类化合物具有一定的特点，经抽象和简化可归纳为以下假设： （H1）构成分子的各个原子落在一个平面上。分子中的各原子是连通的，即分子中任何两个原子总可以通过某些化合键和其它原子之间的链连接起来； （H2）分子中的每一个碳原子与三个相邻的原子用化合键连接，键长相等； （H3）由同一碳原子出发的所有相邻键之间的夹角为（见图1） 由于碳的化合价是4，氢的化合价是1，又由于平面碳氢化合物中的一个碳原子只能与周围三个原子用键相连，此原子发出的键中有且只有一根双键。又因氢的化合价为1，此双键只能与另一碳原子相连接，另外两根单键与另外两个原子相连接，这两个原子既可能是氢原子，也可能是碳原子。 图2和图3给出了两种最常见的平面型碳氢化合 物-----苯（ ）和萘（ ）的分子图形。 §2图和矩阵模型 2.a 分子简图 将平面型碳氢化合物的分子图作一些简化。首先，去掉氢原子及其相应的单键；然后将双键也简化作为单键，得到一个只保留碳原子和碳-碳键且不区分单双键的分子简图，又称为“骨架图”。 图4给出了一系列平面型碳氢化合物分子的骨架图。图中的顶点表示碳原子，边表示碳-碳键。 将分子骨架图的顶点（碳原子）依次编号就得到分子的图模型。例如，将苯的分子骨架图如图5的编号，即得顶点集为V={1，2，3，4，5，6},边集E={（1,2),(2,3),（3,4）,(4,5),(5,6),(6,1)}的无向图G=(V,E). 2.b 邻接阵和归约邻接阵2.b.1邻接阵 图论中用邻接阵表示图的顶点之间的邻接关系。设图共有n个顶点，邻接阵是一个n阶方阵，元素均为0或1，若i顶点与j顶点之间有边相连，则邻接阵位于i行j列的元素为1，否则为0。对图5的苯的骨架图，邻接阵为 2.b.2 图的二分性 若一个图中的顶点可以分为两类，每一类的顶点都没有边将它与同一类中的顶点相连，就称该图为二分图。若将这两类顶点分别用不同的颜料着色，每一条边连接的两个顶点颜色必然不同。所以二分图又称为二色图。 图G=（V,E）的部分顶点和部分边构成的图称为子图。G中一个由顶点和边交错组成的非空有限序列 称为G中连接与的链。若= 则称Q为圈。若Q中除 = 外再无其它相同的顶点，则称Q 为初级圈。 我们将说明平面型碳氢化合物分子骨架图是二分图。为此要用到图论中的如下定理。 定理1 一个图为二色图的充分必要条件是：该图中的 每一个圈都是偶数边的。 注意到平面型碳氢化合物中的每个碳原子发出的相邻两 键之间的夹角均为 ，它的骨架图中的内 角均为 或 ，由此即可断言它的任一圈的边数 均为偶数。 事实上，设圈的边数为m，其各内角为 ，i=1,2,…,m.利用多边形内角和的公式可得： 将上式两边分别处以 ，得 3m=6+ 由于 为 或 ，上式右端比为偶数，从而m 必为偶数，利用定理1即得如下命题： 命题1 平面型碳氢化合物的分子骨架图比为二分图。 2.b.3 归约邻矩阵 根据命题1，可以将平面型碳氢化合物分子骨架图的顶点分为两类，每一类顶点之间都没有边连接。例如，图5所示苯分子骨架图中，编号为奇数的顶点和编号为偶数的顶点分属这两个不同的类，对一般平面型碳氢化合物，我们也将两类顶点分别称为奇顶点和偶顶点。 将图的顶点按奇顶点在前偶顶点在后的方式