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昆虫病原线虫共生嗜线虫沙雷氏菌的基因组测序 摘要 嗜线虫沙雷氏菌，编号21420T（=CGMCC 1.6853T，DZ0503SBS1T），不属于昆虫病原线虫崇明拟异小杆线虫肠杆菌属，具有共生体与治病菌体两种生命周期，与昆虫病原线虫和害虫有多方面的关系。为了更好得理解沙雷氏菌种这个罕见的特征，我们在这呈现嗜线虫沙雷氏菌21420T的基因组序列，第一个这个物种的基因组序列具有重大意义。 关键词 嗜线虫沙雷氏菌 共生体 单分子实时测序 完整基因组 嗜线虫沙雷氏菌、编号21420T（=CGMCC1.6853T，DZ0503SBS1T），隶属于肠杆菌科，是一种革兰氏阴性、非孢子生、短杆型的运动型细菌。作为最具代表性的粘质沙雷氏菌的沙雷氏菌属，观察到这种菌种能被红色素染色（Zhang et。，2009）。编号21420T的菌种本来不属于昆虫病原线虫崇明拟异小杆线虫肠杆菌属，是一个新物种。报告指出，21420T是重要的共生生物，当线虫寄生于目标昆虫时能让线虫生存生长。与其他沙雷氏菌属物种相比,这种罕见的共生效应已被称作为这种拥有荧光能力的菌种21420T的重要特点。（Zhang et al.，2008）。 发光杆菌属和异短杆菌属的成员分别与线虫中的异小杆线虫属或斯氏线虫属具有典型的内共生关系。这些细菌具有相似的生命周期即包括两个明显的角色：昆虫病原体和线虫共生体，并拥有两个不同的调节系统（查斯顿 et al.，2011、古德里奇·布莱尔和克拉克，2007）。在沙雷氏菌属中，一些物种在昆虫寄主中表现出致死效应（莱斯 et al.，2002，努涅斯·瓦尔迪兹 et al.，2008，帕蒂尔 et al.，2011和坦 et al.，2006）。然而，已知的只有很少数成功案例能佐证这些细菌与昆虫病原线虫的共生关系当这些线虫寄生于无脊椎寄主上。（彼得森和蒂萨，2012、托雷斯·巴拉甘 et al.，2011）。报道称嗜线虫沙雷氏菌21420T与昆虫寄主有同步的死亡率以及其与线虫具有共生关系（Zang et al.，2009）。与发光杆菌属和异短杆菌属的案例不同，沙雷氏菌属在与线虫共生和使昆虫发病这两个阶段的调节机制没有阐明。 在这个研究中，我们提出嗜线虫沙雷氏菌的第一个基因组序列。用QIAamp DNA Mini Kit（ ）将嗜线虫沙雷氏菌21420T的染色体DNA提取出来。提取的基因组DNA的含量和纯度取决于微量紫外分光光度计（赛默飞世尔科技公司 沃尔瑟姆 英国）的每微升紫外可见吸收光谱值和氟量计2.0（飞世尔科技有限公司）的量子位。修剪后的基因组DNA被用于创造10KB大小的插入库，太平洋生物科技测序平台对该DNA序列进行单分子实时测序。此次单分子实时测序用了一部90分钟电影的时间对两个细胞进行实时测序并从1,685,314,487碱基对中测出300,584个测定的序列。以RS分层基因组装系统执行所有测得基因的装配该系统为单分子实时分析版本2.2.0（太平洋生物科技）组装版本3.3，结果为两个邻接片段和与之相对应的两个支架。重叠群的大小为4,451,630bp，几乎是总数大小的85%。 蛋白质的编码序列由原核基因组决定，预测基因的功能注释在拉斯特服务器的子系统快速是进行。 嗜线虫沙雷氏菌21420T的基因组特点概括如下表1。嗜线虫沙雷氏菌21420T的基因组由5 224 920个碱基对组成，其中GC碱基对占59.5%。其基因组包含4629个蛋白质编译基因，90个tRNA基因和24个rRNA基因。在拉斯特服务器上通过预测基因的功能分析，该基因组被分为573个子系统，没有发现质粒复制子。 在嗜虫沙雷氏菌属中，病原性因素Sep蛋白（SepA,SepB,SepC）导致草青虫得琥珀病，已经被认为是一群新的杀虫毒素并且与发光杆菌的杀虫毒素有相似之处（赫斯特 et al.，2000）。然而，与发光杆菌属和异短杆菌属的杀虫毒素混合物不同（督查 et al.，2003，弗兰奇·康斯坦特 et al.，2007和萨金特 et al.，2003），各种各样的分泌胞外酶都拥有水解功能比如蛋白酶，脂肪酶和几丁质酶已经被认为是沙雷氏菌种具有致病性的潜在因素（帕蒂尔 et al.，2012、彼得森和蒂萨，2012）。包括物种21420T细胞外酶有待对杀虫有贡献，这些基因簇编码的生化酶与重金属抗性有关，抗菌活性以及植物激素的生物合成是通过基因组分析得以确认。 表1 嗜线虫沙雷氏菌21420T基因组特点 属性 数值 估计基因组大小（bp） 5 224 920 重叠群总数