《第04讲药物设计理论与方法.pptVIP

* 分子力学计算 MM2 计算方法 半经验公式 MOPAC 量子力学计算 从头计算 Gaussian 计算方法 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 量子力学计算法计算结果的精度要比分子力学计算法高的多，但每一钟计算方法都有它独特的用法。  Ⅰ.分子力学计算方法—MM2  应用范围： ①体系中有几千个原子； ②有机物、低聚核苷酸、羧氨酸以及糖等大型分子； ③气象（只能用分子力学计算法）。 包含的可用技术： ①能量最低化； ②构象搜索； ③同一分子的个别点能量比较； ④分子动力学研究。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * Ⅱ.量子计算方法 （1）半经验方法-MOPAC ①含有120个重原子并且原子总数在300以内； ②有机物、有机金属化合物、低聚物（包括缩氨酸、核苷、糖类）； ③气相或绝对溶剂环境。 （2）从头计算法 ①体系的原子总数在30个以内； ②气相或绝对溶剂环境； ③基态、过渡态和激发态的研究（主要方法）； ④静电势； ⑤偶极矩； ⑥过渡态几何形状和能量； ⑦键分裂能。 （3）从头计算法Gaussian程序 Chem3D中添加了Gaussian的菜单，但需要将程序安装后才能使用。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 3、Energy Minimization（能量优化） * 为了确定分子低能构象，就需要求解与其对应的分子势能面上的极小值，这一过程称为能量优化（energy minimization）。 Starting geometry Easy to implement; useful for well defined structures Depends strongly on starting geometry - + Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * 分子力学的能量优化方法较通用，计算速度快，但在最小化中只允许体系能量下降，而不能上升，因而有着陷入局部最小值的缺陷。 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * energy Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * Population of Minima Most minimization method ca