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建树五步曲之Alignment 为所选序列定义遗传密码! 建树五步曲之Alignment 点选蛋白质按钮，将DNA转变为 蛋白质，接下来你可以按一般步骤Alignment，最后别忘了按核酸钮(上面那个)，将蛋白质变回DNA. Note: 当你在MegaAlign 中完成了Alignment 后，有几种种格式可以让你选择保存 ，但常用只有MEG和MSF两种。MEG是MegaAlign 的格式，一般不推荐使用，因为这种格式兼容性很差。MSF是一种通用格式，推荐保存成这样的格式，这对以后的处理会很有帮助。当然，如果你的Alignment结果很好，也可以直接存成PAU格式进行作树分析，但这样的情况很少。 建树五步曲之Alignment MegaAlign 虽然很好用，但有时会觉得它的速度比较慢，对于大量数据的情况，MegaAlign 的速度就会让我们有点不耐烦了，而且，这个程序比起正宗的Alignment程序Clustal X来说，还是有一些不足的地方，所以我在这里还是把Alignment的老大—Clustal X给大家介绍一下： 特点 速度快； 可以进行Alignment间的二次Alignment； 可以输出成多种格式方便后续处理。 建树五步曲之Alignment Clustal X 的一个很大的优点就是它能进行Alignment间的二次Alignment。但这种方法有什么好处呢？在进