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如何使用NCBI对比测序结果 禤淑霞 2013.11.19 内容 What is NCBI? How ?(未知序列,已知序列) What is NCBI? NCBI (National Center for Biotechnology Information ），是指美国国立生物技术信息中心 主要用途 1. 查找基因信息/序列 2. 对比 3. 文献 How 打开NCBI的主页：/ 或直接打开主页/Blast.cgi basic Specialized BLAST 未知序列对比——不知道插入片段的序列 搜索出插入载体中的目的序列 Vector contamination 输入测序结果 运行 Vector contamination 红色：强烈 紫红：中间 绿色：弱 无色：目的序列 成功插入目的序列 找出无色区域中序列的范围（28~299） 返回Blast页面 空载体 假阳性，表明目的基因并没有成功插入到载体中，转化到菌株中的只是空载体。 其他方法——搜索酶切位点或标记 例如使用了pET28a-MS2载体，用到BamHI和HindIII酶切位点，则在测序结果中搜索这两个酶切位点的序列，插入片段为180bp。那么查看搜索结果，两个酶切位点中只有十几bp之差，肯定不会是插入了目的序列，那么就是空载体。如果中间的片段大概有目的片段大小，则把该序列复制到NCBI上搜索 balst主页 核酸序列 选择核酸来源，例如人类，老鼠，还是其他others 选择合适的数据库：other（其它） 搜索结果 比对的序列来源 结果 已知序列对比——已经有该序列 对比两个序列是否一致