11-结构生物学导论-4介绍.pptVIP

多对同晶置换法 Multiple-isomorphous replacement （M I R) 制备至少两个同晶的重原子衍生物 与母体空间群相同 晶胞参数只有微小的差别（0.5-1%) 除了在某些位置上增加了重原子外，其他对应的原子位置都相同（不扰乱蛋白分子的构象和晶格堆积） 重原子浸泡 用浸泡法制备重原子衍生物 实践 浸泡液组成与晶体生长的槽液相似，含重原子试剂 重原子试剂的种类: 如 K2PtCl4 (Cl?CN, NO3), Pt(NH3)2Cl2, K2AuCl4 (Cl?CN, NO2) (主要与 Met 结合) Hg(OAc)2 (OAc ? Cl) , 有机汞化合物 (主要与 Cys结合) Na3IrCl6 (Na ? K, NH4) (主要与 Lys 结合, 温和, 溶解度高,可用到100mM) UO2(NO3), (NO3 ? OAc) 稀土元素等 浓度（常用0.1-10 mM，可分步浸泡以减少对晶格的破坏） 浸泡时间（hrs-days) (首次实验可试1mM,1天) 要求： 同晶度好 结合位点少 占有率高 差值 Patterson 函数 生物大分子: Patterson 函数不能直接反映重原子位置 母体衍射数据 IP → |FP| 重原子衍生物衍射数据 IPH → |FPH| 计算差值 Patterson 函数，解出重原子位置 P(uvw)=（1/v）∑∑∑(|FPH|- |FP|)2exp[-2?i (hu+kv+lw)] h k l 差值 Patterson 峰代表重原子间矢量 ? 重原子位置 计算FH 重原子位置的精修（如用最小二乘法） 计算重原子对结构因子的贡献 FH N F(hkl)=K∑qj fj exp[2 ? i (hxj+kyj+lzj)-Bj (Sin ?/? )2] j=1 只对重原子加和? FH, ?H 矢量三角形 FPH = FP + FH 复数加和(矢量加和) 至少用两个重原子衍生物才可唯一确定相角已知|FP| |FPH| FH 多对同晶置换相角解析步骤 1. 生长母体晶体 2. 采集母体衍射数据(包括初步晶体学研究) 3. 制备重原子衍生物, X-衍射实验初步鉴定晶体衍射情况 4 .初步采集重原子衍生物数据 5. 衍射数据分析(计算同晶差值 ?|F|iso,初步判断重原子衍生物是否合用) 6. 改进重原子衍生物,重复3-5 7. 找到合用的重原子衍生物后，采集重原子衍生物的精确衍射数据 (包含反常散射数据) 7. 求解相角(包括差值Patterson计算和分析,重原子位置精修, 搜寻次要位置，原点统一, 手性确定) 8. 电子密度改善和解释,获得部分结构信息 单波长反常散射法Single wavelength anomalous dispersive method(SAD) Friedel’s law Fh = Fh (cos? + isin ?) = A + iB F-h = F-h [cos(-?) + isin(-?)] = A - iB Ih ~Fh2=(A + iB)(A+iB) = A2+B2 I-h ~F-h2=(A - iB)(A-iB) = A2+B2 ?h = -?-h Fh F-h ?h ?-h Breakdown of Friedel’s law fj = f0 + ?f’ + i ?f’’ SIRAS phasing SAD phasing 单波长反常散射相角解析步骤 1. 生长母体晶体 2. 采集母体衍射数据(包括初步晶体学研究) 3. 制备重原子衍生物, X-衍射实验初步鉴定晶体衍射情况 制备硒代蛋白质晶体。 4 .初步采集重原子衍生物数据 5. 衍射数据分析(计算同晶差值 ?|F|iso,初步判断重原子衍生物是否合用) 6. 改进重原子衍生物,重复3-5 7. 找到合用的重原子衍生物后。 8. 采集重原子衍生物的精确衍射数据 (包含反常散射数据) 9. 求解相角(包括差值Patterson计算和分析,重原子位置精修, 搜寻次要位置，原点统一, 手性确定) 10. 电子密度改善和解释,获得部分