生物信息学实验指导2014-2015-1_解增言.docVIP

生物信息学实验指导 适用专业：生物技术与制药大类 生物技术 编写：解增言 生物信息学院 2014年9月  目录 实验1 在线BLAST同源序列查询 3 实验2 本地BLAST同源序列查询 8 实验3 利用ClustalX与MEGA进行多序列比对与分子系统发生树构建 10 实验4 利用RNAfold预测RNA二级结构 14 实验5 Pfam蛋白质结构域分析 17 实验6 利用PSSpred预测蛋白质二级结构 19 实验7 利用Cn3D和RasMol分析蛋白质三级结构 21 实验8 利用GO及EST数据分析基因功能 24 实验1 在线BLAST同源序列查询 一、实验目的 1． 了解同源序列查询的原理和用途； 2． 掌握利用NCBI在线BLAST工具查找同源序列的方法。 二、实验原理 在生物学种系发生理论中，若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们同源（homologous）。分子生物学中的同源指两条序列来自于一条共同的祖先序列。一般来说，相似超过一定程度的序列具有同源性。在生物信息学研究中，常用序列比对（alignment）来研究序列的同源性以及推测物种之间的关系。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时