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与细菌共生 生物学家曾以為人类是独立的生理岛屿，可以完全靠自己调节内部运作：我们的身体会製造所有必需的酵素来分解食物，吸收其中的养份来供应和修护组织及器官；各组织送出的信号宣告了身体的状态，例如飢饿或饱足；免疫系统的特化细胞会自我学习如何辨识并攻击危险的致病微生物，却不会骚扰身体健康的组织。 然而过去10年来，研究人员证明人体并不全然是一座自给自足的孤岛，更像是一个复杂的生态系或一个社群网络：我们的皮肤、生殖器、口腔、尤其是肠胃道等处，居住著数兆个细菌和其他微生物。事实上，人体内绝大多数的细胞竟然不是人类细胞，细菌细胞的数目是人类细胞的10倍；此外，由各种微生物和它们的基因构成的微生物群系（microbiome），并不会对人类造成威胁，反而协助了从消化、生长到自我防卫等基本生理机制。 这就是所谓的人类「自治」！ 生物学家已详细检定了人体内最常见的微生物种类，最近他们开始调查这些居民的特定效应，也因而对人体的运作和一些现代疾病（像是肥胖和自体免疫疾病）越来越普遍的原因有了新见解。 种类繁多的共生细菌 每当提到人体内的微生物时，人们通常想到的都是病原体。的确有狠长一段时间，研究人员专注於会造成危害的病菌，而忽略了那些有益菌的重要性。美国加州理工学院的生物学家玛兹曼尼恩（Sarkis K. Mazmanian）认為，这是因為我们以扭曲的观点看世界，他说：「我们的自恋使我们的思想受到局限，我们相信自己拥有维护健康所需的一切功能，但不能只因為微生物是外来的、只因為我们终生都可获得，就认為它们不是我们重要的一部份。」 事实上，所有人在生命非常初期时即拥有一个微生物群系，即使出生时一无所有，每个人都会从周围环境中获得自己的共生社群。由於子宫通常不含细菌，胎儿一开始是无菌的个体，在通过產道时获得了一些来自母亲的共生细菌，这些细菌开始繁殖；之后在哺乳以及骄傲的父母、祖父母和亲朋好友照护的过程中，再加上日常接触床单、毛毯、甚至宠物，都让婴儿的微生物方舟迅速扩充。到了婴儿时期末期，我们体内已形成了一个地球上最复杂的微生物生态系。 过去五年来，科学家努力描绘出这个生态系的特性。这是一项异常艰难的工作，举例来说，许多已演化得能够适应肠道拥挤又缺氧环境的细菌物种，难以在寂寞宽阔的培养皿中进行培养。幸好研究人员找到避开这问题的方法：他们研究细菌的遗传指令（DNA和RNA），而不是整个细胞。由於DNA和RNA可在正常含氧的实验室环境下操作，科学家只需从体内取出微生物样本、萃取其遗传物质，然后分析结果即可。 每种共生细菌都有它特有的标记：在细菌细胞负责製造蛋白质的核糖体内有一种16S核糖体RNA，其对应基因在各菌种都是独一无二的。只要定出这个基因的序列，科学家就能编列出体内微生物群系的完整目录，得知我们体内有哪些微生物物种，并比较不同人之间的确切物种组合。 科学家的下一步是分析微生物社群的其他基因，来判定哪些基因在人体内活化，又执行了哪些功能；这又是一件不容易的差事，因為菌种繁多，而且基因在萃取过程中全都混合在一起了。虽然判定某特定细菌基因是否在人体内活化（或表现）的方法狠直接，但要找出这特定基因属於哪个物种，却又是另一回事。幸好，过去10年来电脑功能越来越强大，基因定序也非常快速，让过去不可能完成的分类和分析任务，变成只是较為复杂的工作。 来自美国和欧洲的两组科学家利用这些新技术，详列出人体内的细菌基因。2010年初，欧洲团队发表了微生物基因普查报告：在人体的消化系统内，有1000多个菌种的330万个基因，大约是人类基因组2万~2万5000个基因的150倍。 研究人类微生物群系的特性，带来了许多意外的发现：没有任何人的微生物组合是一模一样的，即使同卵双胞胎也不同。这个发现或许有助於解答人类基因组计画呈现的谜题：该研究证实全世界所有人的DNA99.9%是相同的，我们的命运、健康、甚至一些行為，受自己基因影响的程度，可能还比不上微生物群系基因差异所造成的影响。而且，虽然每个人体内微生物群系的组成菌种和相对数目差异狠大，多数人仍享有一套完整的有益细菌基因，儘管这些基因可能由不同菌种提供。然而，即使是最有益的细菌，如果出现在不该出现的地方，也可能导致严重疾病，例如在血液裡会引发败血症，或在腹部器官的组织网络裡造成腹膜炎。 调节消化的细菌盟友 数十年前，从研究动物肠道的消化作用和维生素製造，科学家发现了某些细菌可能有益人体的第一个线索。到了1980年代，研究人员已经知道人类组织有多项功能需要维生素B12，例如细胞能量的生產、DNA的合成和脂肪酸的製造，他们也证实只有细菌的酵素才能以基本原料合成维生素B12。同样的，多年来科学家早就知道肠道细菌会分解食物中原本无法消化、会原封不动排泄掉的特定成份，不过一直到最近几年，科学家才得知其中有趣的细节：有两种细菌对消化和调节食慾