用预处理数据.docxVIP

目前已经在网上和有关处理磁共振弥散加权收购方法文献中大量的信息。?这些说明提供了有关如何预处理DTI数据的简要介绍，重点是在放射学学术运行的项目。?一个类似的指南也可以从克里斯Rorden，并从达特茅斯脑成像中心?。为了遵循这一点，你将需要访问FSL在GNU / Linux或安装Cygwin的?。?所有需要的软件已经安装在放射学学术Linux服务器上。?如果安装Cygwin与FSL使用，一些当地的笔记可能是有用的。后安装Cygwin，下载和描述上安装的Windows版本的FSL?佛山照明的网页。您可能还需要保罗的DICOM来分析的副本DTOA遵守软件Cygwin的。基本的预处理步骤导出弥散加权从MR扫描仪图像。转换弥散加权图像分析。计算扩散方向和b值。使用FSL正确的空间失真由于涡流引起的差异。创建脑的二进制掩码。计算的扩散张量和相关联的参数。检查的原理特征向量出现似是而非的使用FSLView。如果DICOM图像可在步骤1中导出，上面和FSL安装，然后剩下的步骤可以由我的DICOM标准执行，以分析转换软件，?DTOA?，通过指定-DIFF-FDT命令行选项，下面的转换到分析，运行批处理文件来执行涡流校正，并计算平均扩散，FA图，并使用FSL各向同性弥散加权图像。?例如，如果源的DICOM图像存储在/ CDROM和转换后分析图像将被存储在/ data/experiment1，然后输入 DTOA-C-ANA-delses-DATEFIRST-DIFF-FDT / CDROM / data/experiment1如果DICOM图像或FSL不可用，或者如果需要进行另一条路线，用于处理图象的各个步骤如下所述。1。?从MR扫描仪出口弥散加权图像最好是，导出图像，DICOM，无论是通过网络或到CD或其他可移动媒体。?尽量保证DICOM图像从扫描仪作为DICOM网络传输通过不同制造商的，或不同的方式被导出后写入到CD，只要practiable，工作站可能会导致一些私人的DICOM消息，如含扩散扫描参数，从DICOM头被移除。要导出DICOM图像在一个飞利浦磁共振扫描仪硬盘（版本10及以上）使用正常的扫描仪接口，选择病人/行政?。单击一个文件夹，左上角的形状的图标，并选择磁盘文件选项。?这显示病人的图像已经被导出为DICOM到硬盘的列表。?删除列出的所有患者（突出显示所有患者的条目，然后单击交叉按钮，右下）。?这样只会删除导出DICOM文件从硬盘;原始图像仍保存扫描仪的数据库中。?然而，这一步保证了出口的DICOM图像仅是必需的，不夹杂了以前导出的DICOM图像。从磁盘文件改回病人数据库列表。打开包含扩散的图像导出病人的条目。?只有突出具体系列用于出口。?不要强调任何后处理ADC或FA图，或大fMRI的收购，因为这些可能会崩溃了DICOM出口。点击磁盘文件按钮，在窗口中间的底部。?不要anonymise导出DICOM图像。打开队列管理器，并检查出口顺利进行。?检查队列没有被禁用 - 如果是，启用它。打开Windows资源管理器（按下Windows键??在键盘上，选择所有程序/附件/ Windows资源管理器?）浏览到e：\ DICOM并找到一个DICOM文件夹和DICOMDIR文件。?如果您有权限，它可能是明智的，首先压缩的图像-既彰显了DICOM文件夹和DICOMDIR文件，然后选择文件/发送到/压缩（zipped）文件夹?。压缩文件应该被复制到USB记忆棒或通过网络检索。?飞利浦通常允许使用远程网络访问安全Shell与远程用户名和默认密码，包括磁共振成像其次是扫描仪的序列号（与删除任何前导零）。?序列号可以在消息0018,1000任何导出的DICOM图像被发现。?SSH通常是GNU / Linux的安装的一部分，可用于Cygwin和UNIX的内容。?SSH for Windows可以从不同的地点，比如下载SSHSecureShellClient-3.2.9.exe用于非商业用途，或腻子?。一旦转移，您可以删除了DICOM文件夹和文件DICOMDIR，无论是使用Windows资源管理器或患者/管理页面。从飞利浦扫描仪图像数据往往导出飞利浦研究PAR / REC格式。?不幸的是，这种格式中不包含所使用的扩散方向以及如下所述它们必须被推断。?作为检查，这些推断的方向是正确的，它重新运行相同的DTI收购同一扩散的图像在一个志愿者和出口两个DICOM和PAR /录音文件是很有用的。?这将允许推断指示要对那些在DICOM头中找到比较。2。?转换弥散加权图像来分析。如果图像已远销如DICOM，我建议将它们转换使用我的DICOM到分析软件来分析DTOA使用- diff的标志，因为这提取从DICOM头中的扩散方向和b的值，并保存bvals和bvecs文件中相