蛋白质模拟与药物设计课件.pptVIP

Site ID * * * 生物信息学 * The EndThank you! 由于原子核携带电荷，当原子核自旋时，会由自旋产生一个磁矩，这一磁矩的方向与原子核的自旋方向相同，大小与原子核的自旋角动量成正比。将原子核置于外加磁场中，若原子核磁矩与外加磁场方向不同，则原子核磁矩会绕外磁场方向旋转，这一现象类似陀螺在旋转过程中转动轴的摆动，称为进动。进动具有能量也具有一定的频率。 原子核进动的频率由外加磁场的强度和原子核本身的性质决定，也就是说，对于某一特定原子，在一定强度的的外加磁场中，其原子核自旋进动的频率是固定不变的。 原子核发生进动的能量与磁场、原子核磁矩、以及磁矩与磁场的夹角相关，根据量子力学原理，原子核磁矩与外加磁场之间的夹角并不是连续分布的，而是由原子核的磁量子数决定的，原子核磁矩的方向只能在这些磁量子数之间跳跃，而不能平滑的变化，这样就形成了一系列的能级。当原子核在外加磁场中接受其他来源的能量输入后，就会发生能级跃迁，也就是原子核磁矩与外加磁场的夹角会发生变化。这种能级跃迁是获取核磁共振信号的基础。 为了让原子核自旋的进动发生能级跃迁，需要为原子核提供跃迁所需要的能量，这一能量通常是通过外加射频场来提供的。根据物理学原理当外加射频场的频率与原子核自旋进动的频率相同的时候，射频场的能量才能够有效地被原子核吸收，为能级跃迁提供助力。因此某种特定的原子核，在给定的外加磁场中，只吸收某一特定频率射频场提供的能量，这样就形成了一个核磁共振信号。 对于孤立原子核而言，同一种原子核在同样强度的外磁场中，只对某一特定频率的射频场敏感。但是处于分子结构中的原子核，由于分子中电子云分布等因素的影响，实际感受到的外磁场强度往往会发生一定程度的变化，而且处于分子结构中不同位置的原子核，所感受到的外加磁场的强度也各不相同，这种分子中电子云对外加磁场强度的影响，会导致分子中不同位置原子核对不同频率的射频场敏感，从而导致核磁共振信号的差异，这种差异便是通过核磁共振解析分子结构的基础。原子核附近化学键和电子云的分布状况称为该原子核的化学环境，由于化学环境影响导致的核磁共振信号频率位置的变化称为该原子核的化学位移。 * 同源模建是一个根据模板蛋白将一级序列转成3D结构的技术总称，包括了threading和homology两种，当让后来发展的fugue啊，geneatlas等等都是以次为基础。在这两种中，又以后者重要（因为简单而且准确性高），在很多软件中都提供了相应的功能，做的最好的商业软件是INSIGHTii和modeller（这个非常傻瓜，但是结果的可控制性不高）, 免费的有spdbvierwer和一些在线服务器.。 同源模建技术给我们带来了更多选择和探索新领域的机会，但是有一点请大家注意，如果你的蛋白同源性不高，波动性过大，关键位点差异显著的话，要谨慎的选择同源模建，因为这样构造出来的蛋白很可能误导你后面的工作，因为往往同源模建在我们这里都是一个课题的第一步，决定了后面这个课题是否成功的关键。 * * * * * * * * * Box and Grid * * Probe Atom or Groupelectronic atom, ion or molecule with certain volume H2O Water, the Hydrophobic Probe H+ Electrostatic interaction CH3 Steric interaction C+ sp3 Electrostatic Steric interaction O:: sp2 carboxy oxygen atom N:= sp2 N with lone pair N3+ sp3 amine NH3 cation O- sp2 phenolate oxygen * Box and Grid pKi = B(D1) + C(D2) + + ... A PLS: * Steric CoMFA Contour Map * Electrostatic CoMFA Contour Map * Exp. Pred. Receptor-based drug design * 生物信息学 * 分子生物学和结构生物学的发展，使得一些靶标生物大分子的功能被阐明，三维结构被测定 计算机科学的发展，出现了功能先进的图形工作站，极大地提高了计算和数据分析的速度和精度； 发展了许多药物分子设计方法，如基于生物大分子三维结构的分子对接(Molecular Docking)方法和基于药物小分子的三维定量构效关系分析方法和数据库搜寻方法等。 * 生物信息学 * PDB statisti