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Gaussian 03 计算BSSE ? 构型优化是找寻极小点来预测分子体系的平衡构型。 寻找极小点的方法有很多，大多数极小化算法只能在势能面上下降，它们只能找到起始点附近的极小点，要得到更多的极小点需要从多个起点开始。 一些特殊的极小化方法可以进行上山移动找到比最近的极小点能量更低的极小点，但是没有任何一种方法能从任意一点开始找到整个势能面上的最小点。 8. 平移分子的部分基团 首先需要通过键长工具进行适当的断键和成键，从而确定待旋转的基团。然后利用键长工具分别点击待平移基团的关键原子和位置参考原子，并设定Atom 1 为“Translate group”，Atom 2 为“Fixed”，再调节键长大小既可实现平移。必要时需要添加虚原子来定位。 9. 旋转分子的部分基团 首先需要通过键长工具进行适当的断键和成键，从而确定待旋转的基团。然后利用二面角工具（有时也可能用上键角工具）分别点击待平移基团的某些关键原子和位置参考原子，并设定Atom 1 为“Translate group”，Atom 4 为“Fixed”，再调节二面角大小既可实现旋转。必要时需要添加虚原子来定义旋转轴。 10. 显示坐标轴可以更准确地添加原子 点击右键菜单可以选择显示笛卡尔坐标轴。显示坐标轴可以更准确地添加原子，比如将原子放在z 轴的方向上。 此外，值得注意的是，任何被添加的原子总是处在垂直屏幕方向的分子纵深长度的中心。 下面举几个实例来具体说明上述技巧的使用。 1. 构造乙烷的重叠式构象 用GaussView 直接构造乙烷的交错式构象很容易：先用元素基团工具中的sp3 杂化的C 按钮点击新建窗口便得到甲烷分子，然后在点击其中一个氢原子即得到乙烷的交错式构象（技巧4）。在此基础上我们来构造乙烷的重叠式构象。思路很简单，只需将其中一个甲基相对于另一个甲基绕C-C 键旋转60 度即可。 用二面角工具按上图利选择1 到4 号原子，按照前述“旋转分子的部分基团”的技巧，将二面角从180 度设为120 度，就可以将右边的甲基旋转60 度，从而得到乙烷的重叠式构象（技巧9）。 2. 构造二茂铁的结构 首先我们构造环戊烯结构。利用环状基团工具中的环戊二烯基团按钮（GaussView 没有环戊烯基团模型）点击空窗口，构造出环戊二烯（技巧4）。 用删除工具删除CH2的两个氢原子。再用加氢工具加一个氢原子即可得到正确取向的氢（技巧3）。用点群工具将该结构对称化为D5h点群（容差值为0.3），同时选中“Always track point group symmetry”。这样用键长工具将任一个C-C 键长设为1.44?，键型设为“共轭双键”，则其余四个C-C 键都拥有同等键长和键型。同时具有D5h 点群对称性的环戊烯分子中心就是坐标原点（技巧5）。 显示坐标轴，用鼠标操作使分子的xy 平面大致处于屏幕平面，然后在坐标中心的位置点击添加一个虚原子（技巧10），如上图所示。这个虚原子后面有用。 下面我们构造另一个平行的环戊烯分子。 打开晶体工具，选择c 方向的晶格长度为3.33?，并设c 方向的重复单元为2，点“Combine”合并，便得到如下图所示的两个相距3.33? 且平行的环戊烯结构（技巧6） 取消掉周期性条件。但此时可以看到坐标轴原点不在两分子的中点位置，这样不利于添加铁原子以及后续操作。为此，我们打开点群工具，将分子点群对称化为D5h，这样坐标轴原点就恰好在两分子的中点位置（技巧5）。由于二茂铁中两个环戊烯是交错的构象，所以我们可以利用例1 中的方法将其中一个环戊烯绕分子主轴旋转36 度既可（但事先必须打开点群工具将“Constrain to subgroup”设为C1，否则D5h的对称性限制使得该旋转操作无法进行），如下图所示（技巧9）。 接着用鼠标操作使分子的yz 平面大致处于屏幕平面，在坐标中心的位置点击添加一个铁原子（技巧10）。用删除工具删除两个虚原子，但我们会看到残余的十个键（原先的C-X 键）。当然我们用删除工具手工一个个删除。更简单的方法是，点击“重新键连”（“Rebond”）按钮（或选择菜单Edit Rebond）即可消除那些残键。 最后用点群工具将整个分子对称化。但我们会发现尽GaussView 识别分子属于D5d点群，但无论怎么点击“Symmetrize”按钮，分子仍然保持C1 点群。其原因是模型中仍有一些残键，这些残键是我们在使用晶体工具时留下的，因为当时的晶胞较小，相邻晶胞内原子自动成键。因此我们需要打开原子列表窗口，选中那些残键（元素符号是“?”的那些），然后删除即可。此时再对称化就能得到D5h 的二茂铁结构（技巧5） Single point energy (单点能) 单点能计算：指对给定几何构型的分子的能量以及性质进行计算，在