植物生理习题整理-xujun..doc

各位老师出的习题粗略整合 韩斌 如何完成高等植物基因组的精确测序？ 基因组测序的方法有两种： 克隆步移法（BAC-by-BAC strategy） 克隆步移法的步骤主要如下： 首先要构建遗传图，再利用几套高度覆盖的大片段基因组文库（现在主要采用的是BAC和PAC构建文库）获得精细的物理图，选择合适的BAC或PAC克隆，再构建亚克隆库（sub-clone library）进行测序，最后利用计算机对序列进行装配。 要完成精确的测序，构建精细的物理图是基础。这就要求构建高覆盖率的BAC或PAC基因组文库。将全基因组DNA部分酶切，电泳选取130Kb片段，建立BAC库，然后根据酶切指纹图等方法建立物理图谱。根据BAC序列的重叠关系，将大片段的克隆在染色体上定位好，由相互关联，部分重叠的BAC克隆连成大的重叠群（contig）。Contig中的每个BAC克隆都分别用超声波破碎打断产生2~4kb的片断构建亚克隆库，使之产生10倍的测序冗余程度的亚克隆重叠群。对此亚克隆库进行测序，序列组装以完成相应BAC克隆序列。BAC内部的空洞（gap）可以利用设计引物进行PCR等手段填补。完成所有BAC克隆序列后，便可将重叠群中的BAC克隆组装起来，完成整个染色体的精细物理图。应用最新发展的高通量测序方法包括454测序技术和solexa测序技术，可大大缩短测序周期。 测序的速度的较慢，要构建BAC库耗费大量的时间和资源。优点是组装的准确度较高，基因组的比较完整空隙较少。构建的克隆库可以反复使用。也可以重复。 whole genome shotgun strategy） 全基因组鸟枪法测序：主要步骤是，第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。第二，高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序，第三，序列集合，用计算机对序列进行装配。第四，填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。 测序的速度较快，现在的一般都采用这种方法，不需要够大量的BAC库。缺点就是拼接的时候基因组会有很多空隙。但是如果有一个参照的标准基因组这个问题可以很好解决。 基因组学研究的前景（下一步的主要目标）？ 基因组学的研究范围包括核基因组和线粒体的基因组包括结构基因组学、功能基因组学和蛋白质组学，其中主要是对DNA双螺旋序列的研究，第三代测序就是通过方法的改进使测序的长度达3Kb左右同时测序的精度也极大的提高。 1）测序技术革命加速物种基因组序列的破译。从Sanger测序法的诞生与普及到454测序法的成熟并实现了商品化，在降低成本的同时大大地提高了测序速度，更快的获得精确度更高测序的长度更长的序列，而且测序的成本也不断的降低，人们得到的测序出来的reads的长度更长可以使人们可以获得基因组上更细微的变化和跟精确图谱，例如：由于测序长度的限制一线染色体的着丝粒和两端的序列没有，而且一些高度重复序列也不知道。2）多物种基因组水平的横向比较与进化分析。利用生物在进化上的亲缘关系，来比较不同物种之间的相似与相异，以实现基因组中功能信息的识别,它不仅能提示同属甚至同科物种基因组间的同源性和差异性，对不同物种在起源、演化过程中的变化的研究具有巨大的启示作用。 （3）从单性状QTL群体分析转向基因组内多个QTL的关联分析。在植物体中，许多重要的生物性状都是由多个QTL(数量性状遗传位点)控制的，随着全基因组序列的获得及基因组注释的进一步深入，基因组内多个QTL的关联分析势在必行。 （4）针对各种small RNA及非编码序列功能的研究。目前，序列的注释和解读还十分粗浅，一些早先被认作垃圾DNA而遭忽略的成分，如miRNA、siRNA、短肽及各种转座子，陆续被证明存在有重要功能。 （5）表达序列（全长cDNA）的获得。不同时空下的表达谱分析，用转录组的视角，在全基因组水平，把基因的表达与某个生命活动关联起来。除了基因序列外序列的甲基化状态和修饰的状态进行基因组学的的研究。也就是把影响这些因素的环境和其他因素考虑在内。 6）扩大植物基因组测序、植物相关微生物测序、植物相关宏基因组（metagenome）测序和相关高质量注释 第三代测序技术测序长度据说可以达到3Kb这将极大的提高测序的精度。可以通过较低的覆盖获得非常精确的序列。这可以极大的降低测序的成本。大量的精确序列可以进行精确的比较分析可以获得基因组上微小的变化。不仅可以使比较基因组学得到发展而且可以发现更多的rare SNP 。同时可以获得一些以前不知道的基因组上的重复序列等。 带来的影响是非常大的 Important osmolytes（渗透因子） that accumulate in plants duri