模式生物的功能基因組学.doc

11．模式生物的功能基因组学：从新的视角看老问题 Dorothea K. Thompson and Jizhong Zhou 申剑、金颖译；金颖初校；魏华校 11.1引言 要全面综合地描述活细胞的内部作用关系是一项十分艰巨的任务。不足为奇的是，描述基因功能和相互作用方面最大的进步最初来源于基因组序列数据的使用，这些数据来源于简单的原核和真核模式生物。原核生物如大肠杆菌（Escherichia coli）和枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis），单细胞真核生物如啤酒酵母菌（Saccharomyces cerevisiae）都被作为传统的模式生物，这是因为它们结构简单、功能复杂、在实验系统中具有内在的优势。E.coli 的非致病实验菌株（K-12）被列为最早的全基因组测序对象，它在原核遗传学、分子生物学、生物技术、尤其是DNA重组技术领域是首选的模式生物（Blattner et al.,1997）。B. subtilis 是第一个进行全基因组测序的革兰氏阳性菌（Kunst et al.,1997），并且被作为研究生物化学、生理学、系统发育的遗传学范例。因为S. cerevisiae 具有真核细胞的所有基本功能，并且人类疾病30％的阳性克隆与酵母同源（Bassett et al., 1997），对S. cerevisiae 基因产物的生物学作用做准确的测定是极其重要的一步，这有助于我们提高对遗传学上更复杂的、不易研究的多细胞动物的认识（lashkari et al., 1997; Winzeler et al., 1999）。 尽管有40多年的大量研究，但基因组序列信息表明，超过30％的开放阅读框（ORFs），包括E.coli的染色体（Blattner et al.,1997）和B. subtilis 的染色体（Kunst et al.,1997）没有实际的功能。这个问题在已测序的S. cerevisiae 基因组中反复提到，在S. cerevisiae中大约6000个预测基因中的三分之一仍被归为未知细胞功能的阅读框（Goffeau et al., 1996; Ueta et al., 2000）。因此，很明显，除了基因组结构分析以外，其它的系统研究得到的信息对大量的序列数据归类于生物学上有意义的位置是十分必要的。功能遗传学和相关的高通量综合技术学和方法学（例如，DNA微阵列、全基因组突变、双向凝胶电泳、双杂交系统、蛋白微阵列）试图在转录组学、蛋白组学、代谢组学、内部作用组学的细胞区域中确定新的基因。一些最好的功能遗传学作用的例子来自于对E.coli、B.subtilis、S. cerevisiae的研究。因此，这些生物将成为这一章的焦点。我们将对其它模式生物进行简短的讨论以总结这一章。 11.2 Escherichia coli（大肠杆菌）：模式真细菌 E.coli作为原核生物学中的模式实验生物，它的地位是无可比拟的。毫无疑问，E.coli是最具特征的可自由生长的单细胞生物，并且它已用于研究细胞过程的生物学模式，如DNA的复制和修复、转录、代谢途径、应激反应、信号传导和遗传学规律。E.coli K-12基因组的获得是一项巨大的挑战。因为许多不典型的基因与数据库中已知的序列不具有显著的同源性。尽管遗传学研究已有几十年，但E.coli K-12基因组中编码4,288个蛋白的38%的基因仍然不清楚生物学功能。那些基因中的1853个之前已经被描述过（Blattner et al.,1997）。这表明我们的认知还存在严重的不足，甚至是对于那些已被很好地研究过的模式生物。在生物学环境中，从功能上理解未分类的基因要求要超过序列的注释水平，并且要综合转录组学、蛋白组学、代谢组学、相互作用组学等方面的全基因组功能分析。我们将在后几部分讨论那些能为功能预测提供信息线索的功能基因组学方法所起的作用。 11.2.1 Escherichia coli（大肠杆菌）基因组 我们从E.coli K-12基因组的结构分析中得到了什么样的新信息？E.coli 序列数据除了使全基因组功能分析的方法成为可能，同时也揭示了一些新的基因。六个以前没发现的tRNA编码基因在揭示E.coli 基因组的过程中被鉴定出来（Blattner et al.,1997）。这些新的tRNA基因中的四个，名为valZ、 lusY、 lysZ、 lysQ组成了lysT操纵子，而其它两个基因（asnW、ileY）形成了单基因转录单位。基因组序列的生物信息学分析也已经预测了一些结构和调控元件，这些是各种生物化学途径或细胞机制方面知识所不能预见的。在搜索序列相似性的基础上，芳香族化合物，如苯酚丙酸盐的降解途径的未知步骤被其他四个假定的mhp基因所揭示。在基因组序列确定之前，m