《Phyip中文使用说明.docVIP

Phylip中文使用说 Introduction PHYLIP程序的运行 这些程序要按照一定的顺序来运行。前一个程序的输出作为下一个程序的输入。如何合理的组合这些程序也很关键。 在windows中，PHYLIP程序可通过双击程序的图标来启动，或是在命令行中输入程序的名称来启动。我们建议使用命令行方式，因为你也许能看 到一些错误提示。它启动的方是：开始-所有程序-附件-命令提示符。 大部分PHYLIP程序运行方法相同。程序把infile作为默认输入文件，如果没有找到它将要求用户输入数据文件的名称。输出结果写在 outfile文件中。有些则写在outfile和outtree或plotfile中。 因为大部分程序使用默认的输入和输出文件名，所以在下一步的分析前，要重命名你想保存的文件。比如，你用Dnadist得到了距离矩阵 （outfile），你还想试试不同的设置，那么再做矩阵计算前，你可以把outfile重命名为dnadist_outfile，或其它名称，这样你就 能区别两次的结果了。 ? 程序 ? 重抽样工具 该程序生成一系列的特殊的随机样本，保存在outfile中。这些样本在后继的分析中作为一个序列对文件，要设置选项M（use multiple datasets）。 Seqboot????????? 生成随机样本，用bootstrap和jack-knife方法。 距离方法： 顺序使用这些程序。首先，用dandist或protdist程序计算序列比对结果的距离矩阵。接着这个矩阵被fitch、kitsch或 neighbor程序转换为树。Dandist和protdist程序的输出文件是outfile。在运行fitch、kitsch或neighbor 前，outfile应该重命名为infile或另外的名字。fitch、kitsch和neighbor的输出文件是outfile和outtree。 Dnadist???????????????? DNA距离矩阵计算器 Protdist???????????????? 蛋白质距离矩阵计算器 Fitch???????????????????? 没有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Kitsch?????????????????? 有分子时钟的Fitch-Margoliash树 Neighbor??????? Neighbor-Joining和UPGMA树 ? 基于字符的方法 这些程序读入一个序列对，它们的输出文件是outfile和outtree。 Dnapars??????????????? DNA简约法 Dnapenny???????????? DNA简约法using branch-and-bound Dnaml????????????????? DNA最大似然，无分子时钟 Dnamlk???????????????? DNA最大似然，有分子时钟 Protpars??????????????? 蛋白质简约法 Proml?????????????????? 蛋白质最大似然法 ? ? 画树 这些程序可画newick格式的树。如，danml程序生成的树。Drawgram和drawtree生成文件为plotfile，而retree 生成outtree。 Drawgram???????????? 画有根树 Drawtree?????????????? 画无根树 Retree?????????????????? interactive tree-rearrangement 一致树 用多重树构建一致树。如，dnapars可生成多重树，可用consense程序来汇总。Bootstrap的结果也由它来汇总为一棵 majority rule tree。 Consense?????????????? draws consensus trees from multiple trees ? 树的距离 计算多个树间的基于拓朴结构的距离。该方法可用来比较不同分析方法的结果。 Treedist???????????????? 计算树拓朴结构间的距离 ? Example 距离法 一．获取序列一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。二、多序列比对目前一般应用CLASTAL X进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。在cluster x中，生成的phylip文件的序列名称被