新(SNP分子标记的原理及应用.pptVIP

、 SNP 的概念 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。 它包括单碱基的转换, 颠换、 插入及缺失等形式。 SNP 的特点 （1）密度高　SNP在人类基因组的平均密度估计为 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达 3×106个。 （2）富有代表性　某些位于基因内部的SNP 有可能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素。 （3）遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。 （4）易实现分析的自动化　SNP标记在人群中只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个“ + \- ”或“全\无”的方式,这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动化。 种族遗传学 Tang 等研究了来自世界五个地区(中国、马来、高加索、印度和非洲) 人群的MDR1 基因的单倍体和连锁不平衡特征,发现具有e12/ 1236T2e21/ 2677T2e26/ 3435T 亚型的单倍型mh5 在非洲人群以外的四种人群中高度表达,而具有e12/ 1236C2e21/ 2677G2e26/ 3435C 亚型的单倍型mh7 在非洲人群中占了1/ 3 以上,进一步证明了种族间的表形差异。 疾病易感性研究 原理：SNPs 被认为是一种稳定遗传的早期突变,与疾病有着稳定的相关性。当一个遗传标记的频率在患者明显超过非患者时,即表明该标记与疾病关联,通过比较分析两者的单倍型和研究连锁不平衡性,可将基因组中任何未知的致病基因定位。 Horikawa 等应用SNPs作为遗传标记通过基于连锁不平衡的相关分析,在墨西哥裔美国人群和北欧人群中发现了一个DM 易感基因,该基因第三个内含子上的A/ G多态性(SNP43) 同2 型糖尿病(2 型DM) 连锁,该位点为纯合子G的个体患2 型DM 的风险增加,这是目前为止所发现的第一个与2 型DM 相关的SNP ,预示了SNP 在DM 相关基因研究中的重要作用。 药物基因组学研究 SNPs 可以精细地反映个体的遗传差异,SNPs 位点与个体的药物反应进行相关分析,从而确定基因在药物作用中的功能和意义。这样既可以根据患者的遗传特性设计治疗方案,实现“个性化治疗”,提高药效，降低药物的毒副作用,又可以在临床试验阶段为特定的药物选择合适的受试者,提高效率,减少费用。 遗传育种的应用 检测水稻SNP，研究优良性状与SNPs的关联关系，指导育种。 SNP的检测方法 基于以下9 种基本原理: 以结构为基础; 1.1 限制性片段长度多态性法 （RFLP ）; 1.2 单链构象多态性法 （SSCP ）; 1.3 变性梯度凝胶电泳 （DGGE ）; 等位基因特异PCR（AS-PCR）; RT-PCR; 等位基因特异性杂交; 引物延伸法--单碱基延伸法; DNA直接测序法; 飞行质谱仪 (MALDI- TOFMS )检测; 变性高效液相色谱 ( DH PLC )法； 1.1 RFLP法 原理：利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DNA片断，如果存在SNP位点，酶切片断的长度和数量则会出现差异，根据电泳的结果就可以判断是否SNP位点。 1.2 单链构象多态性(SSCP) 原理：单链DNA 在中性条件下会形成二级结构，不同的二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖于碱基的组成，单个碱基的改变也会影响其构象，最终会导致在凝胶上迁移速度的改变。 在非变性聚丙烯酰胺凝胶上，短的单链 DNA 和RNA 分子依其单碱基序列的不同而形成不同的构象，这样在凝胶上的迁移速率不同，出现不同的条带，检测SNP。 特点：由于该方法简单快速，因而被广泛运用于未知基因突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突变类型和具体位置。 1.3 变性梯度凝胶电泳（DGGE） 原理：是利用长度相同的双链 DNA片段解链温度不同的原理,通过梯度变性胶将 DNA片段分开的电泳技术。 2. 等位基因特异 PCR ( AS-PCR) 原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) ,另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS-PCR技术是一种基于SNP的PCR标记。因为特异引物在一种基因型中有扩增产物,在另一种基因型中没有扩增产物,用凝胶电泳就能够很容易地分辨出扩增产物的有无,从而确定基因型的 SNP。 3. RT-PCR 实时荧光PCR 技术( RT-P