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蛋白质网络熵与生物进化 摘要 蛋白质的相互作用在生命运动中起着核心作用，与生物的进化有着密切的联系；（文献）熵是自然界的第一法则，是生物进化的根本原因。（文献）本文在现今蛋白质相互作用网络的研究基础上，逐步探究了基于能量传递的蛋白质相互作用网络熵，基于蛋白质度数的蛋白质网络结构熵，基于最大特征向量的蛋白质网络特征熵，结果表明：基于能量传递的蛋白质相互作用网络熵由于蛋白质种类数无法得到因此无法计算；基于蛋白质度数的蛋白质网络结构熵随着生物进化是震荡的，没有固定的变化规律。而随着生物进化，蛋白质网络特征熵是递增的 关键字：蛋白质相互作用网络 生物进化 蛋白质网络结构熵 蛋白质网络特征熵 引言 生物进化是由低等到高等的过程，达尔文通过大量的实地调查和分析，于1859年提出了生物进化理论，在其中，他指出，生物进行遗传变异，并通过自然选择完成优胜劣汰，由低等向高等进化。但是，他只是通过大量的调研和事实从宏观上说明了他理论的正确性；现代进化论也只是通过对遗传和变异的进一步深入研究来说明生物进化的方向。但是，它们都没有定量地论证生物进化的规律和准则。（文献） （文献）Brooks-Wiley理论接受自然选择学说，但同时认为生物进化是热力学第二定律的一个特例，生物熵与组织性的共同增长才是生物进化的根本原因。但是，在这一理论中，生物熵是在一个开放系统中，根据统计力学的基本观点可把生物系统（基因级,细胞级及机体级的集合）看作为一系综，每一系统中的单位（如基因，细胞或机体）作为系综内的粒子，将系综占有一切微观态的几率的统计平均值用来表征相应的宏观态而获得的统计熵，只是一个的统计结果，并没有考虑系统中粒子之间的相互关系，并在开放系统中得到了熵减的结论。 随着后基因时代的发展，科学家们发现，蛋白质是生命活动的物质基础, 其相互作用在生命活动中核心作用。随着蛋白质相互作用测定技术的发展，大量的蛋白质相互作用数据被获得，蛋白质相互作用数据以及在基因组范围内呈现所有蛋白质之间的关系,即蛋白质相互作用网络及其拓扑特性也越来越受到关注。 蛋白质相互作用网络的现有研究拥有无尺度分布和小世界性质。（文献1-4）近年来，学者们先后提出了多个无尺度和小世界网络的进化模型。1999 年Barabasi和Albert 等提出的优先连接模型(preferential attachment model)。2003 年和2005 年，Eisenberg 等和Joy等分别利用了不同的酵母蛋白质相互作用数据集检测了该模型。2002 年到2003 年，提出蛋白质相互作用网络的复制—分歧模型(duplication-divergence model, DD model)．2005 年，Ispolatov等提出完全非对称复制—分歧模型，该模型只包含一个参数“相互作用保持概率”。2007 年，Hormozdiari等发现，除无尺度性质外，蛋白质相互作用网络的关键拓扑学特性依赖于所选择的种子网络和进化模型。 （文献）李敏等将基于度数的网络结构熵运用到蛋白质相互作用网络中，对DIP数据库中七种生物的八个蛋白质相互作用网络的互异性和可靠性进行分析和研究。 本文在现有蛋白质相互作用网络的研究基础上，利用蛋白质相互作用网络的信息熵对生物进化进行研究，不考虑生物在开放系统中的能量交换，在生物的封闭系统中，从生物蛋白质相互作用网络的角度揭示熵与生物进化之间的联系。 蛋白质相互作用网络中熵的探索 首先，建立全蛋白质网络空间O 设全蛋白质网络含有n个元素，将其定义为，，其中为一种蛋白质。 根据蛋白质网络拓扑特性给出每个元素的具体特性指标，设第i个元素的指标为： 1基于蛋白质相互作用的全蛋白质网络熵 由于在全蛋白质网络中，熵是递增的，而生物进化是从低等到高等的，同时，通过DIP 数据库中数据的分析整合，本文发现生物的全蛋白质网络空间的能量分布随着生物从低等到高等进化而越来越平均，因此，可以得知，在生物进化的过程中，熵越大，生物的全蛋白质网络的能量分布越均匀。 那么，就可以用生物全蛋白质网络的能量分布的均匀程度来定义全蛋白质网络熵。 把全蛋白质网络中每个节点所传递的能量记为，节点数目为n，那么全蛋白质网络中每个节点传递能量的方差 则根据在生物进化的过程中，熵越大，生物的全蛋白质空间网络的能量分布越均匀的理论，可以令全蛋白质网络的熵 虽然这一定义是合理的，但是在D的实际计算过程中发现，全蛋白质网络中蛋白质的种类数n是无法得到的，因此这样定义的蛋白质网络熵无法计算。 故而必须寻求其他更为合理而可实现的方法来定义全蛋白质网络的熵。 2基于蛋白质度数的蛋白质网络结构熵 考虑全蛋白质网络中数据的局限性，通过DIP（database of interacting proteins）（引用）中的数