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2017-01-19 发布于重庆
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circos教程

rcos为了能准确地画出染色体示意图，染色体的定义，位置，大小，以及显示的形式都是circos需要考虑的。这些要素需要在数据文件当中定义出来。数据结构染色体组型(karyotypes)是一类特殊的数据。一般的，它保存在名为xx.karyotype.txt文件当中。它将定义染色体的大小，ID，名称和颜色。每一行一条染色体，格式如下：chr- ID LABEL START END COLOR最开始的chr表示，这一行将定义一个染色体。然后是一个短线占位符。这个占位符通常用来定义所属关系，对于染色体来说，没有所属。ID是染色体唯一且不能重复的标识。之后的LABEL是将来用于显示在图上的文本。如果一个染色体组型文件里面包含多个不同来源的染色体组，设置ID最好的办法就是使用前缀。比如hs=homo sapiens, mm=mus musculus等等。有时候你可以使用hs19做为前缀来明示数据来源版本。其实，即使是只有一个来源的染色体组，也最好使用前缀，以规范文件格式。START和END值定义了染色体的大小。对于染色体组型文件，需要指明的是，这里的START和END应该是染色体本身的大小，而不是你想绘制部分的起止位置。指定绘制部分将由其它文件来定义。COLOR是于定义显示的颜色。如果染色体组不以条纹(cytogenetic bands)图谱覆盖的话，那么就会以这里设置的颜色显示。对于人类基因组而言，circos预设了与染色体相同的名字做为颜色名，比如chr1, chr2, … chrX, chrY, chrUn.下面就是hg19的例子：chr- hs1 hs1 0249250621 chr1chr- hs2 hs2 0243199373 chr2chr- hs3 hs3 0198022430 chr3chr- hs4 hs4 0191154276 chr4chr- hs5 hs5 0180915260 chr5chr- hs6 hs6 0171115067 chr6chr- hs7 hs7 0159138663 chr7chr- hs8 hs8 0146364022 chr8chr- hs9 hs9 0141213431 chr9chr- hs10 hs10 0135534747 chr10chr- hs11 hs11 0135006516 chr11chr- hs12 hs12 0133851895 chr12chr- hs13 hs13 0115169878 chr13chr- hs14 hs14 0107349540 chr14chr- hs15 hs15 0102531392 chr15chr- hs16 hs16 090354753 chr16chr- hs17 hs17 081195210 chr17chr- hs18 hs18 078077248 chr18chr- hs19 hs19 059128983 chr19chr- hs20 hs20 063025520 chr20chr- hs21 hs21 048129895 chr21chr- hs22 hs22 051304566 chr22chr- hsx hsx 0155270560 chrxchr- hsy hsy 059373566 chry一般的，我们都会在染色体组型文件当中加上条纹图谱的信息，这样才会让染色体图谱看上去有被染色的效果。文件格式与之前的一致，也只有七列。band DOMAIN ID LABEL START END COLOR这里的DOMAIN就是染色体组型当中的ID就好了，其它的定义与前面的一致。下面就是一个例子。band hs1 p36.33 p36.33gnegband hs1 p36.32 p36.32 23000005400000 gpos25band hs1 p36.31 p36.31 54000007200000 gnegband hs1 p36.23 p36.23 72000009200000 gpos25band hs1 p36.22 p36.22 920000012700000 gnegband hs1 p36.21 p36.21 1270000016200000 gpos50band hs1 p36.13 p36.13 1620000020400000 gnegband hs1 p36.12 p36.12 2040000023900000 gpos25band hs1 p36.11 p36.11 2390000028000000 gnegband hs1 p35.3 p35.3 2800000030200000 gpos25band hs1 p35.2 p35.2 3020000032400000 gneg