基于数学结构的蛋白质二维数字表达及其应用研究.docVIP

基于数学结构的蛋白质二维数字表达及其应用研究 赵剑1、2 阮越3 王嘉松4 南京工业大学 理学院 应用数学系 南京 邮编210009 南京工业大学 生物与制药工程学院 南京 邮编210009 里昂国立应用科学院（法国）生物信息系 里昂 69621 南京大学 数学系 南京 邮编210093 School of Science, Nanjing Univeristy of Technology, Nanjing, 210009, China Biotechnology and Pharmaceutical Engineering, Nanjing Univeristy of Technology, Nanjing, 210009, China 3. Institut National des Sciences Appliqu閑s (9Lyon), Villeurbanne, 69621, France 4. Mathematics Department, Nanjing University, Nanjing, 210093, China Email: zhaojian@njut.edu.cn Research on two-dimension numerical representation of protein based on mathematical structure and its applications 摘要：本文提出了蛋白质的一种二维数字表达，该表达考虑了组成蛋白质的核苷酸在DNA双螺旋结构中的对称性和密码子当中的核苷酸组成规律，使之与生物学意义相符合。Cosic’s 的一维共鸣识别方法是一种数学物理模型，它使用信号处理的方法识别蛋白质序列当中包含的信息。根据本文提出的蛋白质二维数字表达，并结合使用向量序列的傅里叶变换理论，提出了高维共鸣识别方法。结果显示，本文提出的二维数字表达和高维共鸣识别在判别双序列的蛋白质相似性问题时也是有效的。 关键词：蛋白质序列相似性 高维数字表达 向量序列傅里叶变换 高维共鸣识别 Abstract: This paper proposes a two-dimension numerical representation of protein, which considers the symmetry of nucleotides in the double helix structure of the DNA sequence and the composition rule of nucleotides of the codon. Cosic’s one dimensional resonant recognition model (RRM) is a physico-mathematical model. The RRM uses signal processing method to indentify the information of protein sequence. Combined the two-dimensional numerical representation of protein with the Fourier transform theory of vector sequence, we put forward the higher-dimensional resonance recognition model (HD-RRM). The results show that the two-dimensional numerical representation proposed and the HD-RRM are effective when they are applied to distinguish the similarity of dual protein sequences. Key words: similarity of protein sequence; higher-dimensional numerical representation; Fourier transform of vector sequence; HD-RRM 文献标识码：A 中图分类号：R857.3 一、引言 DNA或是蛋白质序列都是符号序列，在处理这些符号序列时，常用DNA或是蛋白质有关的一些空间结构、物理化学、生物化学等性质的对应的数值作数字代替，将符号序列转化为数字序列，称之为数字表达，这样就可以使用多种数据处理方法挖掘序列中包含的信息。