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生物信息(bioinformation)数据库大全摘要:?[生物信息(bioinformation)数据库大全] http: smartli77 cctrblog net cmd html?do=blogsid=548uid=1511 生物信息(bioinformation)数据库 一．数据库目录 2000年，出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页，这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息(bioin…… [关键词:数据库 序列 基因 基因组 蛋白质 蛋白质序列 基因图谱]……关键词:?数据库?序列?基因?基因组?蛋白质?蛋白质序列?基因图谱/cmd.html?do=blogsid=548uid=1511生物信息(bioinformation)数据库一．数据库目录2000年，出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页，这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息(bioinformation)学手册》中，他们进行了合并，又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出，分成以下16类：1.数据库目录2.综合数据库包括DNA序列阵：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene3.DNA序列数据库主要是与基因结构和认定有关的数据库，如密码子使用频度表、真核生物启动子库、内含子和外显子库等4.RNA序列和核糖体数据库5.基因图谱数据库6.人类基因组数据库7.其他物种基因组数据库8.基因表达数据库9.基因突变、病理和免疫数据库10.蛋白质序列数据库11.蛋白质结构数据库12.比较基因组学(comparative genomics)和蛋白质组学(Proteomics)数据库13.代谢途径和细胞调控数据库14.与农林牧有关数据库15.医学数据库16.其他数据库二．综合数据库INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库http://www.ebi.ac.uk/embl.htmlGenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库/Web/Genbank/DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库http://www.ddbj.nig.ac.jp/GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）/gsdb/TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）/tdb/hcd/overview.html三．DNA序列和结构数据库包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库/CUTG,密码子使用频度表http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.htmlhttp://www.kazusa.or.jp/codon/http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.htmlEPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）http://www.epd.isb-sib.ch/TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库http://transfac.gbf.de/TRANSFACTRRD.真核生物基因组转录调控区数据库http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/OOTFD,转录因子和基因表达数据库/RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库/~server/repbase.htmlMicroSatellite,微卫星重复序列数据库/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.htmlALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段(/pub/jmc/alu/)Simple Repeats,简单重复序列库/COMPEL,复合元件数据库ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)MPDB,分子探针数据库http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.htmlHvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase