毒理基因组学-3解析.ppt

○摩尔根的果蝇试验 摩尔根实验假说 “眼睛的颜色基因（R）与性别决定的基因是结在一起的，即在X染色体上。” —— 链锁？ 也就是说：得到一条既带有白眼基因的X染色体，又有一条Y染色体的话，即发育为白眼雄果蝇。 ○摩尔根的果蝇试验 最终成就 染色体可以自由组合，但排在一条染色体上的基因是不能自由组合的——基因的“连锁”。 摩尔根在长期的试验中发现，由于同源染色体的断离与结合，而产生了基因的互相交换——基因的 “互换”。（仅占１％）。 连锁和交换定律——摩尔根遗传第三定律。揭示了基因是组成染色体的遗传单位，它能控制遗传性状的发育，也是突变、重组、交换的基本单位。 功能基因组学 利用结构基因组所提供的信息和产物，全面分析基因的功能——从对单一基因或蛋白质得研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。 由基因组静态的碱基序列研究转入对基因组动态的生物学功能研究。 研究内容包括基因功能发现、基因表达分析及突变检测。 “基因的功能”研究内容 生物学功能：如作为蛋白质激酶对特异蛋白质进行磷酸化修饰； 细胞学功能：如参与细胞间和细胞内信号传递途径； 发育上功能：如参与形态建成等。 “基因的功能”研究手段 减法杂交 差示筛选 经典方法 cDNA代表差异分析 mRNA差异显示 基因表达的系统分析（serial analysis of gene expression,SAGE） cDNA微阵列（cDNA microarray） 新兴技术 DNA 芯片（DNA chip） 序列标志片段显示（sequence tagged fragments display） 维多利亚女王家族病——血友病 血友病携带者 染色体异常遗传病 1.结构异常的染色体病 第5条染色体短臂缺失——猫叫综合征 第18条染色体长臂缺失——鲤鱼嘴、细指、外耳异常 2.数量异常的染色体病 21三体综合征（Down征，先天愚型） 18三体综合征（Edward征） 13三体综合征（Patan征） 性腺发育不良（Turner综合征） * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * SAGE 的基本操作程序： 1.以特定细胞的总mRNA作模板加入5端接有生物素的寡聚核苷酸oligo(dT)为引物及转录成cDNA，选用4碱基识别位点的限制酶（锚定酶，anchoring enzyme ,AE）酶切。由于锚定酶要求至少在每一种转录物上有一个酶切位点，一般4碱基限制酶能够达到这种要求，因为大多数mRNA要长于256碱基(44).通过链霉抗生物素蛋白珠收集cDNA3端部分。对每一个mRNA只收集其polyA 尾与最近的酶切位点只间的片段。 2.将cDNA等分为A和B两部分，分别连接接头A或接头B。每一种接头都含有标签酶(tagging enzyme,TE )酶切位点序列（标签酶是一种ll类限制酶，它能在距识别位点约20碱基的位置切割DNA双链），接头的结构为引物A/B序列+标签酶识别+锚定酶识别位点。 SAGE 的基本操作程序 3.用标签酶酶切产生连有接头的短cDNA 片段约9-10个碱基，混合并连接两个cDNA 池的短cDNA 片段，构成双标签后，以引物A和B扩增。 4.用锚定酶切割扩增产物，抽提双标签片断并克隆测序。一般每一个克隆最少有10个标签序列，克隆的标签数处于10-50之间。 5.对标签数据进行处理。在所测序列中的每一个标签间以锚定酶序列间隔。 3. 单核苷酸多态性标记(SNP) single nucleotide polymorphism 是指染色体上的某个存在单个碱基的变化，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等。 Inter-genic regions Coding regions Every 1400bp Every 1430bp SNPs in human population AACCTGCATAATGCCAG AACCTGCAGAATGCCAG 淬灭基团:TAMRA或MGB/NFQ 5’核酸酶SNP试验 SNP标记的特点 ⑴高密度：SNP是基因组中最普遍、频率最高的遗传标记。单个SNP虽然只有两个等位基因，多态信息含量不如微卫星位点，但其高密度弥补了其不足。 ⑵代表性 　某些位于基因表达序列内的SNP(coding SNP,cSNP)，有可能直接影响蛋白质结构或表达水平，鉴别cSNP对于复杂表型性状与基因变异之间的关联分析具有重要意义。 ⑶易实现自动化分析 　双等位标记，检测时只需“有或无”表示。DNA芯片技术实验了SNP分析的高通量、微型化和自动化。