第01讲生物信息学概述讲解.ppt

* 1、什么是生物信息学？ 2、人类基因组计划与生物信息学有什么关系？ 3、生物信息学研究领域包括哪些？ 课后思考 四、生物信息学的研究领域 基因组序列装配 基因识别 基因功能预报 基因多态性分析 基因进化 mRNA结构预测 基因芯片设计 基因芯片数据分析 疾病相关基因分析 蛋白质序列分析 蛋白质家族分类 蛋白质结构预测 蛋白质折叠研究 代谢途径分析 转录调控机制 蛋白质芯片设计 蛋白质芯片数据分析 药物设计 大规模核酸测序及拼接 基因识别与定位 基因相关的SNP研究 非编码区信息结构分析 比较基因组学 (一)核酸及基因组信息 大规模基因组测序 * 运用计算机软件进行序列拼接 基因识别与定位 基因相关的SNP研究： 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)：主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。 * SNP的研究意义 寻找疾病相关的突变位点 法医学研究 器官移植中供体/受体配对分析 全基因组关联分析（Genome-wide association study, GWAS）:是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核苷酸多态性（SNP），从中筛选出与疾病相关的SNPs 非编码区信息结构分析：基因表达调控分析 在微生物中，非编码区只占整个基因组序列的10%-20％；但在高等生物和人类基因组中，非编码序列则占了基因组序列的绝大部分。在人的基因组中，非编码序列超过95%。非编码区有调控作用的核苷酸序列,包括位于编码区上游的RNA聚合酶结合位点。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科 (二)蛋白质及蛋白质组信息 蛋白质结构预测 蛋白质功能预测 基因表达及蛋白质组信息学 蛋白质三维结构测定主要方法：X射线晶体结构分析、多维核磁共振（NMR）波谱分析和电子显微镜二维晶体三维重构（电子晶体学，EC）等物理方法 Difficult! Expensive! Too Much Time! 蛋白质结构及功能预测 蛋白质组研究 蛋白质组（proteome）：即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。 基因组 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR (三)生物分子数据的收集与管理 * (四)数据库搜索及序列比较 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 * * 发现同源分子 * * * 生物信息学和人类基因组计划为药物靶标的发现和新药的研制开创了新天地，未来的药物设计将是基于生物信息学的知识挖掘的过程 通过数据分析首先确立靶标分子 预测蛋白质分子结构 设计药物分子与靶标分子相互作用 (五) 在药学领域应用 所谓基因组药物(Genomic drug)是指利用基因序列数据，经生物信息学分析、高通量基因表达、高通量功能筛选和体内外药效研究开发得到的新药候选物． 基于机理的药物发现：基因组药物实际上利用了反向生物学的原理．沿着从基因序列一蛋白质一功能一药物的途径研制新药，其优势是取自庞大的人类基因资源及其编码蛋白质做为原材料，具有巨大的开发潜力。 基因组药物 人类基因组约有10万左右的基因．编码10万以上的蛋白质，其中至少5％即5000以上的基因编码蛋白质可能具有药物开发前景。大量基因特别是疾病相关基因申请专利，如肥胖。 理想的抗生素靶标应为微生物细胞存活所必须，在病原体中高度保守，且在人体中不存在或与人类基因有根本差异 诊断类药物设计：生物芯片设计 遗传病：基因诊断（腺苷脱胺酶基因突变可引起重症联合免疫缺陷症（SCID)；而淋巴细胞表面分子CD40或其配体（CD40L）基因突变则可引起