向GenBank批量上传序列的方法选读.docVIP

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向GenBank批量上传序列的方法 Qin 1.利用DNAstar的editSeq制作待序列的FASTA文档: 待上传序列删减至合适长度后,将待上传序列全部打开 随后点击File - export as one,保存文件格式为:*.fas ,将待上传序列全部归至一个FASTA文档。注意序列命名: 2.在GenBank的Submission Tools里,下载序列信息编辑软件Sequin。 网址:/Sequin/(下图中点击Instructions下载软件) 注意打开安装文件后,程序会自动安装在安装包所在的文件夹。 3.打开Sequin,点击Start New Submission。 4.随后选择序列发布日期,输入论文题目。 若之前保存有模板,可以点击下面的“Click here to import a template”导入。 模板导出在下文的第五点提到。 联系人、作者信息、机构或者学校信息 建议导出模板,之后修改信息时可以直接导入模板而不需重新输入。 选择上传的序列类型。 导入之前准备好的FASTA文件: 导入之后,输入序列ID(序号ID相当于编号,可以自由命名,只要各个序列的ID不一致即可。在这里以病人编号作为序列ID): 导入序列成功后,显示各个序列信息如下: 点击Sequencing Method,将测序方法输入: 选择上传序列的用途: 病毒类型: 编辑每条序列的信息:点击Import Source Table可以导入模板,点击Export This Table可以输出模板备用。 选择核酸类型,序列内容后,点击Open Record Viewer。 添加每条序列的信息,包括编码区重复区RNA结构等等。 双击相关信息可进行修改,点击Annotate添加相关信息。 检查信息是否有误(也可以点击Search里的Validate检测是否有明显错误):有些错误是可以忽略的,如上传的序列为CDS序列,那么软件报错”序列无终止子”时可忽略。 随后,点击Done保存待上传序列:注意此时保存的文件包含所有序列信息,因此只需保存一次即可。 12.将保存好的文件作为邮件附件,发送至:gb-sub@ 收到accession number即表示上传成功。

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