生物学常用软件简.pptVIP

生 物 信 息 学常 用 软 件 简 介 前言 生物信息学是一门新兴的交叉学科，它将数学和计算机知识应用于生物学，以获取、加工、存储、分类、检索与分析生物大分子的信息，从而理解这些信息的生物学意义。 上面是狭义的生物信息学含义,也是现阶段生物信息学的基本工作. 内容概要 一 生物信息学软件的主要功能简介 1.数据的基本处理 2.序列的比对 3.基因/基因组的注释 4.Snp分析 5.进化分析 6.基因表达分析 7.蛋白质结构预测 二.生物学软件部分常见功能使用技巧 PCR 引物设计 DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建 Contig Express----DNA 序列片断拼接 DNA 模拟电泳 三 生物信息学软件的系统平台 生物信息学软件一般可以分成商业的和开源的两大类,大部份商业的软件都是用在windows平台下的,而大部分开源软件是在unix/linux平台下的. 大部分的软件基于unix/linux平台. 一 生物信息学软件的主要功能简介 1.数据的基本处理 (1)数据的常用格式: 生物信息学中数据的常用格式有: Fasta、NBRF/PIR，EMBL、CLUSRAL、Genbank、phylip等。 这些格式虽然不同，但用一些软件可以进行转换，下面一起看一下Fasta和EMBL FASTA格式又称Pearson的格式，该序列格式要求序列的标题行以大于号开头