基因组翻译最终版.docVIP

摘要 我们做了一个牛-羊的阵列比较基因组杂交试验，使用一条基于牛基因组上设计的平滑的含有385,000个寡核苷酸的探针来确定羊基因组中的拷贝数变异（CNVs），用来分析意大利母羊的乳制品，和乳肉两用的品种（Bagnolese，Comisana，Laticauda，Massese，Sarda,，和Valle del Belice）。我们确定了135CNV的区域（其中24个已经不止在一个动物中被报道过了）覆盖了大小为10.5Mb，平均数和中位数分别为77.6kb和55.9kb，被简称为牛基因组（0.398%）的虚拟羊的基因组。通过对已确定羊的CNVRs和已经报道过的牛、山羊基因组的CNVRs杂交分析得出：羊与其它物种的CNVRs的重叠存在显著差异。（P0.0001）这表明不同的基因组区域可能包含经常性变异的CNVRs。许多羊的CNVRs包含了许多具有生物学功能的基因。评价这些基因的相关功能仍需进行进一步的研究。 1.引言 随着诸如阵列比较基因组杂交等大量基因组分析方法的到来，拷贝数变异CNVs(大小从1Kb到几Mb 的DNA片段与参考的基因组间进行比较发现，该DNA存在一个易变的拷贝数目)代表了遗传变异的来源。举个例子，在集合许多的研究发现人类基因组中大概有30%的基因是受CNVs影响的。CNVs可以改变基因的结构和剂量，可以基因的表达和功能，根据这些作用，CNVs有在决定表观差异时发挥重要的作用的潜能。许多的CNVs代表良性的多态性变种，然而许多其它的CNVs却是导致或是与人类中的孟德尔遗传病或者复杂的遗传病有关。随着在人类中创举性试验的开展，在广泛的基因组CNVs的调查中：老鼠、鼠、黑猩猩、恒河猴、狗、猪、牛、山羊（goat）和鸡已经相继被报道存在CNVs了。这表明该种变异普遍存在于脊椎动物和低等物种中。通过使用牛和人的基因组来进行山羊(goat)与大猩猩的跨物种aCGH实验的调查中就分别考虑了两种反刍动物和两种灵长类动物的亲近程度。跨物种杂交的实验同样也适用于使用基于阵列的鸡去识别火鸡、鸭子和斑马雀中的CNVs。此外，灵长类动物（人大猩猩和恒河猴）的比较分析和反刍动物（牛和山羊(goat)）的比较分析中表明了经常性的CNVs跨亲密物种而存在，这表明了祖先断节的重复数和其它的机制可能会促进CNVs的形成。 通过对一些在家畜中的研究表明，CNVs影响与表性特征有关的基因和基因组区域。举个例子：主导猪白色斑点所在处的基因包括了由KIT基因拷贝数目决定等位基因。在SOX5基因的第一个内含子中的CNV通过引起PRLR和SPEF2的部分重复引导致了鸡的豌豆冠性状和影响了avin物种晚期羽化的轨迹。CNV同时也影响羊(sheep)和山羊中的豚鼠轨迹，同时也促进这两种羊的毛皮颜色变异。 羊(sheep)基因组不断的从进化遗传学、细胞遗传学和混合辐射图谱学中不断得到改进。基于牛、狗和人类基因组集合的虚拟基因组图谱，最近也被生产出来了，这次试验充分使用了两在种反刍动物间的同源性和保守的共线性，和从比较基因组学中可以得到的一些更高级的数据。接着，国际羊(sheep)基因联盟产生了提一张绵羊(ovine)基因组图谱的草图，但就其组装和注解而言，能需要进一步的完善。此外，在跨越大量品种的sheep hapmap课程中使用和发展中低密度的的单核苷酸多态（SNP）板,是为了更好的评价这些物种中的差异程度。然而，羊(sheep)基因组中的CNVs的差异水平到目前为止仍未被评估过。 我们使用了基于牛基因组的跨物种aCHG实验，初步得到了绵羊（sheep）基因组中CNVs的比较图谱。 2.结果与讨论 2.1绵羊（sheep）基因组中的CNVs 在这次研究中，我们选择了亲缘关系密切的牛和羊（sheep）的基因组中高度保守和同源的序列进行分析，以说明我们在发现山羊基因组中的CNVs的方法同样也适用于绵羊（sheep）基因组中CNVs的发现。我们使用了基于Btau-4版本的Bos牛的基因组集合设计的，含有385000个寡聚核苷酸探针的定制的平滑阵列，分析了以Sarda母羊的DNA作为参照组的6个不同的意大利乳用品种或者乳肉两用的品种（Bagnolese，Comisana，Laticauda，Massese，Sarda,，和Valle del Belice）进行比较的11个基因组DNA样本。 采用特殊的评价标准来认为跨物种aCGH实验的CNVs已经被牛-山羊的aCGH研究所吸收和证明（参考材料和方法）。CNVs被报道使用了数据分割和求平均值等10种不同的算法来实现在CGH网站服务器的实施。图1：举了一些在不同羊（sheep）中被确定的CNVs的例子。通过这种保守的方法，我们供报告了186个CNVs(表1和补充文件1)。大概有61%的CNVs仅在一个动物中被发