如何在genbank中查找一基因的序列（5页）.doc

如何在genbank中查找一基因的序列GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸以及蛋白质序列。每个记录代表了一个单独的、连续的、带有注 释的DNA或RNA片段。这些文件按类别分为几组：有些按照系统发生学划分，另外一些则按照生成这 些序列数据的技术方法划分。目前GenBank中所有的记录均来自于最初作者向DNA序 列数据库的直接提交。这些作者将序列数据作为论文的一部分来发表，或将数据直接公开。GenBank由位于马里兰州Bethesda的 美国国立卫生研究院下属国立生物技术信息中心建立，与日本DNA数据库（DDBJ）以及欧洲生物信 息研究院的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（EMBL）一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。所有这三个中心都可以独 立地接受数据提交，而三个中心之间则逐日交换信息，并制作相同的充分详细的数据库向公众开放（虽然格式上有细微的差别，并且所使用的信息系统也略有不同）。 GenBank数据库格式的详细说明 /Sitemap/samplerecord.html在GeneBan中查找基因序列只要输入accession号就可以了，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠.????其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；如何在genbank查找某个细菌的基因序列？输入这个细菌的名字直接查，一般而且一般第一个会是全基因组序列进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例 根据文献如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开 ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi”，那么把输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy了）xq这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。点击 AY047586后出现的界面如下：如果只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。 这就是FASTA格式的序列： 如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？打开/在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基因名称“VEGF”，点击GO搜索结果出来了689条，哪一条是我想要的基因呢？点击箭头所指的LimitsLimits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找什么基因来着？想起来了，是人的VEGF基因，那就开始选择：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”只有一个结果直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank中记录的名称有可能不一致。比如在这