华侨大学_生物信息学_实验报告2.docVIP

华侨大学计算机科学与技术学院 生物信息学实验报告 姓名：_______纪新婷_________ 学号：_1025112018_____ 专业班级：_计算机科学与技术1班________ matlab软件Bioinformatics Toolbox工具包中的常用基本函数： （1）baselookup(Complement, SeqNT) baselookup(Complement, ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ) ans = ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ ans = ｕｇｇｇａｕｕａｕｃｃａａａａｕｇｕｇａ 函数 baselookup()的第一个叁数表示的是该函数所使用的方法，在这个例子中的“Complement”表示的是该函数所实现的功能是对核苷酸序列的补充，而”SeqNT”表示的是核苷酸的序列，在这个例子中我们引用得非典的核苷酸序列。 SeqRNA = dna2rna(SeqDNA) SeqRNA = dna2rna(CCTGCCTTAATGTGCCTC) SeqRNA = CCUGCCUUAAUGUGCCUC 函数dna2rna(SeqDNA)实现的功能是将DNA序列转化为RNA序列，函数中的参数SeqDNA是DNA序列。 SeqR = seqreverse(SeqNT) s = CCTGCCTTAATGTGCCTC; seqreverse(s) ans = CTCCGTGTAATTCCGTCC 函数seqreverse(s)返回一个DNA的核苷酸序列的 函数showalignment(gag)的作用是显示多序列比对。 ramachandran(PDBid) ramachandran(1E31) 函数ramachandran(PDBid)的功能是蛋白质数据库的数据绘制的 函数seqdotplot(Seq1, Seq2)的作用是创建两个序列的可视化的两个序列之间的。 % 如果你没有连接网络，您可以从使用commandload线粒体取消这个如果 其结果如下： % ntdensity 函数得到的图已经表明该核苷酸富含A-T，但是我们能使用basecount函数得到更具体的信息：A、T、C、G的数目 ans = A: 5113 C: 5192 G: 2180 T: 4086 basecount(seqrcomplement(mitochondria)) % basecount函数得到的是5--3单链的A、T、C、G的数目，而 seqrcomplement函数能得到其补链（3-5）。 ans = A: 4086 C: 2180 G: 5192 T: 5113 basecount(mitochondria,chart,pie); % 将A、T、C、G的数目以饼状图的形式表示出来。 dimercount(mitochondria,chart,bar) % 将核苷酸序列中的二聚体（dimer）的信息即数目显示出来。二聚体：相邻两个核苷酸的组合。 ans = AA: 1594 AC: 1495 AG: 801 AT: 1223 CA: 1536 CC: 1779 CG: 439 CT: 1438 GA: 615 GC: 716 GG: 427 GT: 421 TA: 1368 TC: 1202 TG: 512 TT: 1004 codoncount(mitochondria) % 将核苷酸中的密码子（codon）的数目显示出来，codonconut函数没有使用选项，则用第一种阅读框架显示出来（the first reading frame）。密码子：由三个相邻的核苷酸组成的信使核糖核酸（mRNA）基本编码单位，共有64种密码子，有61钟氨基酸密（amino acid）码子和3种终止密码子。在蛋白质合成时，一种氨基酸密码子代表一种氨基酸。 AAA - 172 AAC - 157 AAG - 67 AAT - 123 ACA - 153 ACC - 163 ACG - 42 ACT - 130 AGA - 58 AGC - 90 AGG - 50 AGT - 43 ATA - 132 ATC - 103 ATG - 57 ATT