序列比对专用课件.ppt

* /108 例题3.3 利用S-W算法对两条DNA序列进行局部比对。a=ATTCCAAG，b=TTCGAGT，得分系统：｛4，-3，-4｝ 一、给动态规划矩阵赋初值。 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 - A T T C C A A G - T T C G A G T * /108 例题3.3 （2）按照最优化的递归算法填充动态规划矩阵。 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 4 8 4 0 0 0 0 0 0 0 4 12 8 4 0 0 0 0 0 0 8 9 5 1 4 0 4 0 0 4 5 13 9 5 0 0 1 0 0 1 9 10 13 0 0 4 5 1 0 5 6 9 - A T T C C A A G - T T C G A G T * /108 例题3.3 （3）从矩阵中分值最大的单元格开始，回溯到0为止得到最优比对路径。 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 4 8 4 0 0 0 0 0 0 0 4 12 8 4 0 0 0 0 0 0 8 9 5 1 4 0 4 0 0 4 5 13 9 5 0 0 1 0 0 1 9 10 13 0 0 4 5 1 0 5 6 9 - A T T C C A A G - T T C G A G T * /108 * /108 * /108 选择双序列比选项 Blastn为核酸序列的比对程序，blastp为蛋白质序列的比对程序。 * /108 选择比对算法（程序）与参数 * /108 算法选项 * /108 * /108 * /108 * /108 * /108 核酸序列比对 输入序列1 输入序列2 NM_006744 NM_011255.2 * /108 * * * * * * 其它位置的元素 其它位置如果出现连续的相同字符，同样可以在表中体现出来。 点阵图可以很直观的发现两条序列所有可能的匹配，这些匹配可能是某种功能域。也可用于寻找蛋白质或者DNA内部的重复或者反向重复区域 * /108 反向重复序列 序列1 →序列2 → * /108 点阵图的一个例子 1 AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT 61 GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT 121 GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC /molkit/dnadot/ 两条相同序列的比对 * /108 课堂练习 GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC 第二条序列是第一条序列的反向互补序列，通过点阵图分析寻找序列可能的发夹状结构。 思考：点阵法为什么可以发现RNA序列的发夹状结构？ 发夹结构 * /108 作业 点阵法中窗口过滤技术的方法和意义。 海龟和鸟类中哪个与鳄鱼的相关性比较接近？首先，尝试用PubMed寻找答案，然后选择一个基因或者蛋白，使用BLAST2 Sequences比对。 河马与猪、鲸鱼中谁的相关性更近？为回答这个问题，首先从每种生物中寻找血红蛋白（hemoglobin）序列，然后进行双序列比对，记录氨基酸一致性百分比。 假如你有两条远相关的蛋白，为了比较它们，最好使用下列哪个记分矩阵（ ） A. BLOSUM45或PAM250 B. BLOSUM45或PAM1 C. BLOSUM80或PAM250 D. BLOSUM10或PAM1 * /108 PAM250意味着蛋白质序列上平均每100个氨基酸在进化历程上发生了250次替换，为什么与祖先序列如此远缘的蛋白质序列间仍然有14％——21％的相似性？ 点阵法如何分析RNA可能的发夹状结构？ 为什么罚分一般用仿射罚分而不是线性罚分？ 用图3——6和图3——7的计分矩阵计算比对得分，空位用 * /108 双序列比对的动态规划算法 进行双序列比对最直接的方法是生成两序列的所有可能的比对，分别计算