miRNA的研究策略.docx

miRNA研究策略转载请注明来自丁香园?发布日期：2012-09-20 11:59 文章来源：丁香园?分享到：?收藏夹?新浪微博?腾讯微博?开心网?豆瓣社区?人人网?关键词：?RNA miRNA 技术专题锐博生物丁香通丁香园?　点击次数：1112miRNA作为一种重要的基因表达调控因子，其研究可从三方面入手：miRNA表达谱检测，miRNA靶点分析，miRNA功能筛选。图1? miRNA研究的主要方法及切入点?miRNA研究领域特点※miRNA功能研究（miRNA-靶点-细胞表型）※miRNA与信号通路的关系（miRNA-靶点-信号通路）※miRNA与重要基因的关系（靶基因-miRNA）※miRNA与干细胞（miRNA-靶点-干细胞维持及分化）※miRNA与肿瘤（肿瘤-miRNA-靶点）※miRNA与白血病（白血病-miRNA-靶点）※miRNA与生物的遗传发育（miRNA-靶点-遗传发育）a)?? ?miRNA表达检测●?? ?miRNA 的qRT-PCR检测准确检测细胞或实验动物组织中miRNA的表达对研究者来说至关重要，可帮助研究者更快地切入miRNA的功能研究，在病理组织或血液中的miRNA表达谱检测有助于分析miRNA与疾病的相关性，为开发miRNA作为疾病诊断及治疗生物标志物，和miRNA为基础的药物开发奠定基础。锐博生物针对miRBase19.0数据库中人、小鼠、大鼠所有的miRNA，设计 Bulge-Loop? miRNA qRT-PCR 引物套装，提供对细胞、组织或血液中的miRNA的qRT-PCR全套技术服务。●?? ?miRNA表达谱芯片检测miRNA芯片检测服务是检测总RNA样品中miRNA的表达谱。利用miRNA芯片以及总RNA (Total RNA) 为样品，进行一连串实验操作与资料分析，即可检测出数千miRNA表达谱，分析表达谱数据中出现差异与共表达的miRNA。●?? ?miRNA深度测序采用新一代测序技术平台，能够直接对样本中指定长度的miRNA分子进行高通量测序，可以在无需任何miRNA序列信息的前提下研究miRNA的表达谱，并发现和鉴定新的miRNA分子，提供更加全面的miRNA表达研究方法，加速新miRNA的发现，是当前miRNA表达研究的有力工具。b)?? ?靶点分析●?? ?miRNA靶基因3UTR载体使用报告基因检测系统专门用来检测miRNA与靶基因的结合活性。报告系统包含SV40启动子驱动的报告荧光(hRluc)，其下游构建了靶基因3UTR区域，通过对该荧光的监测，即可验证miRNA对该靶标是否有调控作用。pmiR-RB-Report?报告基因检测系统专门用来检测miRNA与靶基因存在调控作用的可能性，该报告系统报告荧光(hRluc)，其下游构建了靶基因3UTR区域，通过对该荧光的监测，即可验证miRNA对该靶标是否有调控作用；另有一校正荧光(hluc) 作为稳定内参，用于监测质粒表达效率。目前pmiR-RB-Report?报告基因检测系统覆盖人源的数百个基因。●?? ?miRNA靶基因验证将miRNA模拟物(miRNA mimic)与pmiR-RB-Report?报告基因质粒载体共转目的细胞系，通过萤火虫荧光素酶的活性分析，即可获得miRNA对潜在靶基因的调控作用的验证数据。c)?? ?miRNA功能筛选●?? ?miRNA表达载体构建miRNA质粒表达载体是将发卡结构的pre-miRNA或者pri-miRNA构建在含特殊启动子的质粒表达载体，该载体转入细胞后可利用细胞内的miRNA加工成熟机制获得成熟的miRNA并发挥作用。●?? ?miRNA功能研究miRNA功能研究通常在细胞内或体内进行，并与细胞表型(如细胞增殖、细胞凋亡、细胞迁移等)和基因表达分析相结合。●?? ?miRNA的生物信息学分析miRNA参与复杂的基因调控，生物信息学工具可以在表达谱芯片数据分析与深度挖掘、高通量测序数据分析、靶基因预测、调控网络构建等方面取得快速高效的分析结果。表1?miRNA生物信息研究策略研究方向研究策略应用靶基因预测生物芯片荟萃分析；多种算法软件预测发现靶基因靶基因功能靶基因GO（功能富集）分析发现生物功能靶基因生物通路研究pathway生物通路分析：挖掘靶基因可能参与的生物通路发现miRNA参与的生物通路和功能miRNA调控靶基因网络miRNA调控网络构建寻找miRNA作用的关键基因miRNA的表达miRNA芯片表达分析miRNA表达水平miRNA及其靶基因的作用分析miRNA芯片表达差异上调/下调的靶基因?图2多个数据库预测的miRNA靶基因的Venn图（from RIBOBIO CO.，LTD）?图3 miRNA调控网络（from RIBOBIO CO.，LTD）?锐博生物提供