生物测序技术概述.ppt.ppt

TRINITY原理介绍 Trinity 右图是Trinity软件组装的简单原理。 a 组装Contig b 构建组件信息 c 结合Reads信息构建全长转录本 指一个细胞内基因组DNA转录得到的所有转录产物以及转录物在细胞特定发育时期或特定生理条件下的表达水平 转录本主要包括mRNA，small RNA，non-coding RNA * * E-value告诉你产生这个Result多大程度上是因为随机性造成的。E-value越小越好。专业一点说就是，E值越小，结果越显著。 * 手动注释；实验验证；或者与已有家族的基因经过同源相似比对的序列。 * 氯烷烃和氯烯烃降解途径 * * 现在应用的比较多的是前三种机子 此图片来自Nature文献 * * * 测序仪品牌 技术原理 开发商 Roche 454 焦磷酸测序 Roche Illumina Solexa 边合成边测序 Illumina ABI SOLiD 基于磁珠的大规模并行连接测序 ABI Helicos 单分子荧光测序 Helicos Ion Torrent 半导体测序 ABI SMRT 单分子实时测序 Pacific Bio 现有主要高通量测序仪 转录组实验与测序原理 mRNA的提取 通过成熟mRNA的polyA结构提取组织样品的表达mRNA。 反转录为cDNA 将mRNA随机打断，通过利用反转录酶合成对应mRNA的