牛基因组结构变异研究的背景.ppt

牛的基因组变异研究与应用 陈 宏 2010年12月 牛基因组变异研究与应用 牛的基因组变异的研究背景 牛的基因组变异研究现状 问题与展望 研究背景 研究意义 2001年以后，随着多个人类基因组计划的完成，使人们对不同个体间的基因组的差异有了新的认识。 根据HGP绘制的人类基因组序列图谱，不同人群基因序列间仅有约0.11%的基因序列存在差变，而这些差异在人类遗传现象的复杂性和疾病发生的遗传机制方面具有划时代的意义。 牛是世界上最重要的家畜之一，同时。也是作为反刍动物的研究模型。 关于牛基因组的结构变异研究一直备受关注。 随着2009年3月份牛基因组测序工作的完成以及新的检测技术的发展，越来越多的基因组变异被挖掘和发现； 基因组变异为牛品种改良及种质资源的保护和利用提供了更丰富的研究资料。 为牛的育种提供更多的选择资源 牛更适合作为哺乳动物基因组变异研究模型 经过多种物种间基因组比较研究发现，牛基因组更适合于作为哺乳动物的研究模型来研究哺乳动物的营养，代谢，生产和疾病。 为研究物种的进化提供新的资源 为人类复杂疾病研究提供参考 牛和人的基因组相似度最高 可以作为复杂疾病的动物模型（脂肪沉积、肥胖、内分泌） 基因组结构变异研究现状 基因组变异 研究进展 研究方法 ①染色体重排（chromosomal rearrangement ） ②片段重复(SD: segmental duplication):它是指参考基因组序列中出现的DNA 片段长度 1 kb 的两个或两个以上拷贝，且不同拷贝之间的序列同源性 90%的DNA片段。 ③微缺失/插入(InDels: insertion/deletion):基因组序列上的碱基的缺失或插入的变异，一般长度1kb的DNA片段。 ④拷贝数变异(CNV: Copy number variations): 长为1kb或者更长的，比较于参考基因组不同拷贝数的DNA片段。 ⑤单核苷酸变异(SNP: Single nucleotide polymorphisms ):基因组序列上的单碱基的变异，即点突变。 基因组结构变异的研究成果 除SNP外，关于其他类型基因组结构变异在灵长类研究最多，尤其在人类上。 目前在各个不同的大型公用数据库均建立了专门的基因组结构变异的数据库。 比较全面的有NCBI的dbVar — Database of Genomic Structural Variation，收录了目前大多数物种的基因组结构变异的数据。 NCBI 的dbVar数据库只是对各个不同物种的变异进行了简单的汇总，并没有对变异进行详细的分类和定位的描述，但是提供了相关变异的详细的文献列表。目前，在此数据库中列举的不同的物种的结构变异 Database of Genomic Variants主要是针对人类的基因组变异研究的数据库，对人类的基因组变异有非常详细的介绍包括变异的位置，类型及与此变异相关的相关资料。同时，该数据也提供相关的文献连接。 Database of Genome Variants中收录的结构变异信息 基因组结构变异研究的方法 目前，研究基因组结构变异的方法主要是以下面几种方法为基础来进行发展的 分子杂交 直接测序 基于PCR的检测方法 基因芯片 研究方法 以PCR为基础的检测方法 建立在PCR基础上的多重扩增探针杂交反应(MAPH)和多重连接依赖探针扩增反应(MLPA)技术在检测基因组拷贝数变化方面显示出极大的优势。尤其是MLPA技术是一种敏感的检测基因拷贝数变化的相对定量检测方法 。MLPA在肿瘤预诊断基因的剂量分析中应用广泛。该技术的最大优势是灵敏度高、特异性好、成本低廉。而且关于该技术有专门化的网站，提供许多详细的信息（/） 在该网站中提供非常详细的关于MLPA技术，与检测相关的试剂，相关的检测产品等信息。尤其是关于探针的设计方面及关于检测人类基因组结构变异的商品化的检测试剂盒的信息非常全面。目前，有许多的医院在临床上应用的主要是此类的检测试剂盒。 检测技术的缺点： ①分子杂交存在的主要缺陷是该技术费力费时, 不适用于全基因组变异扫描。 ② 基于基因芯片的各种方法克服了分子杂交技术的缺陷，可在全基因组水平高通量地扫描遗传变异, 但不能检测平衡基因重排如倒置和平衡转置；不能准确描述基因重排发生的断裂点和精细结构重排等。 ③ 而且由于自身技术的限制，前两种技术检测的片段长度过大，对于微小的结构变异尤其是1Kb的变异无法检测。 ④MLPA技术虽然可以精确的检测变异，高通量仍然是它的最大的限制，此外探针的设计也限制了其在检测未知序列变异的高效性，但是它在检测不同个体的已知的变异中仍然具备着不可替代的作用。 从目前的技术发展来看，基因芯