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试验报告[芽孢杆菌-2010-08-14] 第 PAGE \* MERGEFORMAT 9页，共9页 编号：农业微生物研究中心[芽孢杆菌, 共 NUMPAGES \* Arabic \* MERGEFORMAT 9页 承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所 试验设计：刘国红 试验项目：采用RDP数据库进行芽孢杆菌菌种鉴定 试验人员：王子旋、刘国红 试验负责：林营志 报告日期：2010-08-30 计数月份：2010年08月 研究资格系数 (0.5-1.0) 实验设计系数 （0.9-1.0） 报告得分 总分 实验设计 实验记载 实验分析 实验简报 实验文章 1-20% 21-40% 41-60% 61-80% 81-100% 1%-5% 设计不足，实施错误 6%-10% 设计不全，实验无果 11%-15% 设计可以，实施不全 16%-20% 设计完整，分布实施 21%-25% 实验不全，记载无果 26%-30% 实验不足，记载不全 31%-35% 独立实验，记载不全 36%-40% 分布实验，记载完整 41%-45% 目的明确，实验完成 46%-50% 实验完整，记载清晰 51%-55% 实验系统，结果可信 56%-60% 实验创新，分析清晰 61%-65% 实验创新，结论清晰 66%-70% 实验完整，统计清晰 71%-75% 实验系统，数据可靠 76%-80% 报告完整，文章雏形 81%-85% 结构合理，分析有据 86%-90% 逻辑清晰，统计合理 91%-95% 图表完整，写作流畅 96%-100% 文献完整，发表水平 福建省农业科学院农业生物资源研究所 农业微生物研究中心 电话: 0591 传真: 0591 HYPERLINK / fjat HYPERLINK / . 试验目的 RDB核糖体数据库项目位于HYPERLINK //，位于密执安州立大学的微生物生态学中心，向科学界提供核糖体相关数据和服务，包括在线数据分析、构建rRNA进化树和进行rRNA序列比对等。该项目由美国国家科学基金会、美国能源部和密执安州立大学发起支持于1989年开始，到2010年已升级到版本10。截止2010年08月14日，数据库容量达到了1,379,424条。 RDP数据库项目包括myRDP, Hierarchy Browser, Sequence Cart, Tree Builder, Sequence Match, Probe Match, Classifier等。myRDP提供创建帐户、上传文件、筛选RDP序列、融合比较、数据下载和数据共享服务；Hierarchy Browser提供分类树浏览、序列选择、搜索和高级搜索、数据下载服务；Sequence Cart保存用户的序列选定情况，相当于购物车；Tree Builder提供进化树构建功能，可采用私有数据和公用数据；Sequence Match提供序列比对功能；Probe Match提供探针比对功能；Classifier提供物种分类功能，包括序列上传、调整显示深度和可信度等。 本报告主要介绍使用RDP进行芽孢杆菌种类鉴定的使用方法步骤。 方法步骤 以本实验室测定的一株芽孢杆菌16S序列为样本进行说明RDP的使用步骤。 样本 我们以一段芽孢杆菌的16S序列为例说明如何使用该系统。样本序列如下： 1 TACGACTCGT CCTCGGTTCC CGGCGATCCT CTGGAGATTA CGGCTACCTT GTTACGACTT 61 CACCCCAATC ATCTGTCCCA CCTTCGGCGG CTGGCTCCAA AAGGTTACCT CACCGACTTC 121 GGGTGTTACA AACTCTCGTG GTGTGACGGG CGGTGTGTAC AAGACCCGGG AACGTATTCA 181 CCGCGGCATG CTGATCCGCG ATTACTAGCG ATTCCGGCTT CATGTAGGCG AGTTGCAGCC 241 TACAATCCGA ACTGAGAATG GTTTTATGGG ATTGGCTTAA CCTCGCGGTT TTGCAGCCCT 301 TTGTACCATC CATTGTAGCA CGTGTGTAGC CCAGGTCATA AGGGGCATGA TGATTTGACG 361 TCATCCCCAC CTTCCTCCGG TTTGTCACCG GCAGTCACCT TAGAGTGCCC AACTGAATGC 421 TGGCAACTAA GATCAAGGGT TGCGCTCGTT GCGGGACTTA ACCCAACATC T