12第十二讲蛋白质分子设计辩析.ppt

第十二讲 蛋白质分子设计（一） 一、概述 二、部分氨基酸突变 三、天然蛋白质剪裁 四、蛋白质分子全新设计 蛋白质分子设计的概念和意义 蛋白质设计的分类 蛋白质设计的基础 蛋白质分子设计的流程 蛋白质分子设计思路 本节小结 一、蛋白质分子设计的概念和意义 1、概念 实现蛋白质分子改造目标的一整套方法、计划、措施和指导方针。 以蛋白质结构和功能的关系为基础，通过蛋白质模型和结构预测等方法， 构建具有新功能的蛋白质模型的技术。 如何理解 ？ 分子设计包括：目标、思想、程序、方法、措施、验证和分析一系列过程。 是蓝图 — 如：建筑工程的设计蓝图 —宏伟构思和诱人的前景 是理论 — 理论上的设计——指导实践过程 是实践 — 实践上的验证——提出问题 与建筑工程的蓝图不同——实施验收 (也有豆腐渣工程——不是设计的问题) 是设计—实践—验证—再设计—再实践—再验证的过程 是一个设计—验证反复进行的过程。 获得新功能蛋白质分子及其分子模型 2、意义：（通过分子设计、人工改造蛋白） 理论上：解析蛋白质结构和功能关系 实践上：满足生产实践的需求 2、意义——理论上： 天然蛋白的缺陷 生物进化过程中，自然选择了数量众多、种类各异的天然蛋白质。 天然蛋白质在特定的条件下应用，(适合于生物环境) 改造蛋白的优势 工业生产—高温高压条件，其结构和功能改变，达不到理想的效果。 为了更好地发挥蛋白质的作用，需要对蛋白质进行人为改造。 如：药物、食品工业和污水处理中的酶、疫苗、生物传感器等进行蛋白分子设计改造，发挥良好的作用。 如：经改造稳定性好的酶，可从价格便宜的棕榈油中生产出价格昂贵的可可脂，创造很高的经济效益。 如：荷兰一家公司设计了一种与漂白剂一同起作用的去污酶（对酶上两个氨基酸修改，使这种酶具有较高抵抗力），在洗涤过程中不受破坏。 如：医学上，蛋白质工程也具有广泛的应用前景。比如，用人工手段去改造蛋白质，开辟了诊断和治疗癌症的新途径。 单链抗体—核素——免疫影像？ 单链抗体—毒素——免疫治疗？ 我国的蛋白质工程达到国际先进水平， 如：重组人胰岛素和溶血栓药物、重组人尿激酶等。 对这些蛋白质改造离不开蛋白质分子设计。 因此，蛋白质分子设计在生产实践中具有重要意义 二、蛋白质设计的分类 包括两种分类方式 1、根据对蛋白质改造的程度分为三类 第一类为“小改”，即通过定位突变或化学修饰来实现； 第二类为“中改”，即不同蛋白质的结构域进行拼接组装，改变蛋白质的功能特性的方法；——如：蛋白质融合技术实现 第三类为“大改”，即全新设计具有特定功能的蛋白质——仿生 2、根据改造对象分为两类 基于天然蛋白质结构的分子设计 全新蛋白质的分子设计 3、两种分类方法是统一的 三、蛋白质设计的基础 理解（一级结构—高级结构—功能的关系）——蛋白质分子设计的基础 理解 结构是功能的基础——蛋白质独特的性质和功能是其特定结构的反映。 1、蛋白质一级结构是空间结构的基础（理解2点） 每一种天然蛋白质生物学活性，决定于蛋白质的结构特点 20种aa各具特殊的侧链，侧链基团的理化性质和空间排布各不相同，可形成多种多样的空间结构，具有不同生物学活性。 一级结构不同，蛋白质功能和活性存在差异，甚至完全不同。 每种蛋白质具有特定的结构，执行其特定的功能 甚至一级结构上个别aa变化 → 特定功能的丧失或改变。 最经典的例子：镰刀型红细胞贫血病，即患者Hb 2条β链第6位Glu→Val 蛋白酶：个别aa突变（关键aa），酶活性丧失 2、蛋白质空间结构直接决定蛋白质的功能 一级结构不能完全了解蛋白质分子的生物学活性和理化性质 多肽链并非呈线形伸展，而是折叠和盘曲构成特有的稳定的空间结构 蛋白质的生物学活性和理化性质主要决定于空间结构的完整性 ？ 去折叠——变性，一级结构未发生改变—功能完全丧失—空间结构的作用 ？蛋白质去折叠的方法——物理、化学因子 蛋白的性质和功能，很难仅用蛋白质的一级结构的排列顺序来解释 理解蛋白空间结构和功能关系对蛋白质分子设计才是最重要的 蛋白质一级结构——高级结构——功能关系，是蛋白质分子设计的基础 蛋白质分子设计面临的挑战 虽然解析蛋白质的结构逐年增加，但依然无法满足蛋白质分子设计的需要？ 现有蛋白质的分子设计大多数主要依据一级结构。—— 一次性成功的把握很小？ 四、蛋白质分子设计的流程 蛋白质分子设计——庞大工程 蛋白质分子设计程序 构建原蛋白质模型 建立和优化突变体模型 获得蛋白质的突变体 结构和功能分析验证 新的结构和功能的蛋白质 通常，需要几次循环才能达到目的 1、设计构建蛋白质突变体模型 收集素材——构建原蛋白质模型： 掌握和了解蛋白质的一级结构、高级结构、功能域，理化特性、 结构和功能的关系、以及同源蛋白的相关信息