基因芯片复习课件总结.docVIP

第一章 生物芯片概述 生物芯片概念 生物芯片是将大量生物分子按预先设计的排列固定于一种载体表面，利用生物分子的特异性亲和反应，来分析各种生物分子存在的量的一种技术。 生物芯片的分类 根据生物芯片的结构特点 根据用途不同: 二、生物芯片的研究概况 生物芯片的发展 最初级的生物芯片 DNA芯片 1991 寡核苷酸芯片 1994 测序芯片 1995 cDNA芯片 其他生物芯片 生物芯片技术研究存在的问题 重复性（稳定性） 提高 灵敏度 增强 标准化 实现 设备及软件 完善 操作过程 简化 三、生物芯片技术的基础知识 生物芯片技术工作的总流程 生物芯片的制备 生物芯片技术主要包括四个基本技术环节： 芯片制备、样品制备、生物分子反应、信号的检测与分析 生物芯片的制备步骤有哪些？分别有什么目的？ 基片处理、点样、固定、封闭 第二章 核酸芯片 一、核酸芯片简介 概念：核酸芯片是指采用一定的技术将许多特定的DNA序列排列固定于固相支持物表面，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号来实现对生物样品的快速、并行和高效的检测和分析。 二、核酸芯片的载体 载体概念：用于连接、吸附或包埋各种生物分子使其以水不溶性状态行使功能的固相材料统称为载体。 如何选择载体？ 载体表面必须具有可进行化学反应的活性基团，以便于生物分子进行偶联。 使单位载体上结合的生物分子达到最佳容量 载体应当是惰性的和有足够的稳定性 载体具有良好的生物兼容性，以利于制作不同种类的芯片。 载体类型：玻片、硅片、硝酸纤维素膜、尼龙膜、塑料等 三、寡核苷酸芯片技术oligonucleotide microarray oligochip概念：寡核苷酸芯片是把寡核苷酸固定在玻片上，与荧光标记的待检序列在一定条件下杂交，经洗涤后扫描获得检测信息。 制作技术与原理 原位合成原理（略） 合成后微点样原理 利用手工或自动点样装置将预先合成和纯化的寡核苷酸点在经特殊处理的载体上即可。 包括接触式与非接触式两种，主要用于中低密度芯片制备 点样方式及点样针 思考题： 比较三种针的优缺点？ 使用裂缝针时，如果看到玻片上某些点没有点上，分析可能的原因? 点印完以后，含有斑点的区域必须加以行列标志，为什么？如何保存？ 点样的后期处理 目的：为了使探针能与载体表面牢固结合，同时，避免在杂交过程中非特异性的吸附对实验结果（特别是背景）造成影响 。 小结： 寡核苷酸芯片的基本概念 寡核苷酸芯片的制备原理 光引导原位合成 点样针及点样过程 四、cDNA微阵列芯片 cDNA是与mRNA互补的DNA分子，长约0.2-5.0kb。 cDNA微阵列芯片是由固定于基质材料上的cDNA片段组成的微阵列，待测样品标记后与芯片上的探针分子杂交，通过荧光强度的检测对杂交结果进行分析。 主要内容: cDNA文库的构建 提高cDNA文库构建的效率 cDNA基因文库构建的步骤 细胞总RNA的提取和mRNA的分离 第一条cDNA合成 双链cDNA合成 双链cDNA克隆进质粒或噬菌体载体并导入宿主中繁殖 cDNA文库构建效率 cDNA文库构建的效率低的表现？ 造成这种低效率的主要原因？ 如何提高cDNA文库构建的效率？ 表达谱基因芯片：用来检测样本中RNA/mRNA，即基因表达（转录水平）的研究芯片。 将待测样品（处理组）与对照样品的mRNA以两种不同的荧光分子进行标记，然后同时与芯片的探针进行杂交，通过分析两种样品与探针杂交的荧光强度的比值，来检测基因表达水平的变化。 表达谱研究的方式： 基因表达丰度的绝对检测 基因表达发生变化的相对检测 第三章 蛋白芯片 二、蛋白质芯片技术的概念 狭义的概念：蛋白质芯片是由固定于载体上的蛋白质微阵列组成，然后与要检测的组织或细胞的混合物进行杂交，在通过自动化仪器分析得到的结果。 广义的概念：能对蛋白质进行快速、并行分析的生物芯片都可称之为蛋白质芯片 三、蛋白质芯片的分类 根据应用目的： 蛋白质功能芯片 研究DNA-protein、RNA-protein、protein-protein等相互作用的的芯片 用来检测蛋白质的生物活性 蛋白质检测芯片（蛋白质分析芯片、蛋白质表达芯片） 主要用于识别检测复杂生物样品溶液中的目标多肽 四、蛋白质芯片制备及分析 1、载体的选择-玻璃 胺反应性表面适用于蛋白的点样 巯基反应性表面适合免疫球蛋白G抗体的点样 疏水性表面（尼龙或硝酸纤维素）也适合作载体，但有更强的非特异性吸附。 实验中较好的载体材料： Hydrogel载体（聚丙烯酰胺为基质） FAST以及CAST基片（固化尼龙或硝酸纤维素） 2、探针的选择 狭义：蛋白质或多肽 广义：核酸、核酸-蛋白复合物或其他配基 3、探针的固定 样品在载体上排布的实现方式大多是先制备好蛋白质样品