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基因芯片技术及其在食品检测中的应用 摘 要：基因芯片技术为全面快速准确地分析鉴定水体、空气、土壤和食品等环境中的各种微生物提供了一种崭新的技术工具和平台。本文扼要综述了近年来基因芯片技术在食品和食品微生物检测中的研究进展，着重讨论基因芯片检测转基因食品和微生物的基本原理与步骤及该技术在食品检测中的应用现状和前景。 关键词：基因芯片；食品；食品微生物；检测 一 1 基因芯片概念和原理 基因芯片也称DNA微阵列，是生物芯片的一种[1]。基因芯片原理最初是由核酸的分子杂交衍生而来的，即应用已知序列的核酸探针对未知序列的核酸序列进行杂交检测。基因芯片制备及检测流程是利用原位合成法或将已合成好的一系列寡核苷酸以预先设定的排列方式固定在固相支持介质表面，形成高密度的寡核苷酸的阵列，样品与探针杂交后，由特殊的装置检出信号，并由计算机进行分析得到结果[2]。 1.1 基因芯片的制备：主要包括载片处理、基因片段点阵和固定化等步骤，其中点阵和固定化技术主要有原位合成和合成后交联2种。 1.2 样品的制备：样品经处理提取到纯度足够高的DNA后，进行PCR扩增以富集目标分子并对目的基因进行标记，或将目标基因转录后制备成基因文库。 1.3 分子杂交：标记后的样品双链DNA一般先要经过高温变性为单链DNA再与芯片上的单链寡核苷酸探针杂交。 1.4 杂交信号的检测：样品与探针杂交反应结束并经洗涤后，完全杂交发生强的荧光信号或特殊波长的信号，不完全杂交则信号较弱，若不能杂交仅能测到芯片原有的荧光信号或检测不到荧光信号。通过计算机控制的高分辨荧光扫描仪可并行采集大量的杂交信号，利用软件数据处理后可进行靶基因的综合信息分析。 2 基因芯片分类 据不同分类标准，基因芯片的分类如下：(1)根据固相支持物的不同，DNA芯片分为无机(玻璃、硅片、陶瓷等)和有机(聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等)芯片。(2)根据芯片上所用探针不同分为寡核苷酸芯片和cDNA芯片。(3)根据芯片点样方式不同，可分为原位合成芯片、微矩阵芯片(分喷点和针点)和电定位芯片3类。(4)根据用途的不同分类为基因表达芯片和基因测序芯片。 3 基因芯片在食品检测中的应用 3.1 在转基因食品检测中的应用：随着基因工程技术的迅速发展，转基因食品越来越多的出现在人们面前。一方面由于对发展过猛而可能导致不可预期的结果的担忧，另一方面出于对消费者对所购食品的知情权及选择权的维护，国际上通行对转基因食品执行严格的“说明标签”制。不论是生产厂商还是监督部门都需要一种准确高效的转基因食品检测手段。现有的PCR扩增法1次只能对1种转基因成分进行检测，效率低，周期长，不适合于对食品中大量不同转基因成分的快速检测。基因芯片具有高通量能并行检测的优点，仅靠一个实验就能筛选出大量的各种转基因食品，被认为是最具潜力的检测手段之一[3,4]。 通常转基因食品其原料主要是有外源基因转入植物体或细胞内并表达的农作物。在人工构建的外源转基因载体中，通常要设计装入了基因表达所需的启动子、中止子序列及为了方便转基因作物筛选而整合的报告基因和抗性基因[5]。在无法确认被转入的目标基因时，通过检测上述基因序列就可对转基因作物进行鉴定具体步骤如下[6]：(1)转基因食品检测基因芯片的制备：根据食品原料来源的具体情况选择不同检测片段，如植物来源的可选β-葡糖醛酸糖苷酶报告基因(Gus)、卡那霉素抗性基因(Kan)、花椰菜花叶病毒CaMV 35S启动子、CaMV 35S终止子等。分别设计扩增引物，PCR扩增得到探针，将探针纯化、浓缩后点样于固相支持物上。(2)转基因食品DNA的提取：转基因食品经预处理(如农作物可用缓冲液浸泡捣碎、过滤离心)，用常规CTAB法即可提取出DNA，烘干后溶于适量三羟甲基氨基甲烷一乙二胺四乙酸(Tris-EDTA)缓冲液中。(3)目的片段的扩增和标记：可采用多重PCR方法埘提取的被检测转基因食品DNA样品进行扩增和标记。(4)杂交和洗涤：将标记的探针变性后铺于芯片微点阵表面，于一定反应条件下进行杂交，反应结束后洗涤晾干。(5)杂交结果的检测：杂交的具体结果可于基因芯片扫描仪以一定波长进行扫描检测(Cy5标记扫描波长为660 nm，Cy3标记扫描波长为560 nm)。 Rudi等[7]研制出1种基于PCR的复合定性DNA阵列，并将其用于食物中转基因玉米的定量检测，包含7种不同转基因成分(Bt176、Btl1、Mon810、T25、GA21、CBH351和DBT418)的玉米被混杂于17份食物和种子样品中，利用MQDA—PCR系统检出其中的1O份样品呈阳性，主要含有Mon810、Btl1和Bt176 DNA的混合转基因成分；一个样品被检出含有GA21。将此系统