基因芯片的应用.docVIP

基因芯片技术的应用 概述：随着功能基因组学研究的不断深入，迫切需要能同时检测大量靶基因表达的手段，迅速准确地在基因组水平上阐述不同生物组织或细胞中各种转录本的变化规律。基因芯片（gene chip）,又称DNA微列阵（DNA microarray）技术就是在这种情况下应运而生的。本文介绍基因芯片的历史和应用。 认识基因芯片技术 基因芯片技术发展历史 俄罗斯科学院恩格尔哈得分子生物学研究所和美国阿贡国家实验室（ANL）的科学家们最早在文献中提出了用杂交法测定核酸序列（SBH）新技术的想法。当时用的是多聚寡核酸探针。几乎与此同时英国牛津大学生化系的Sourthern等也取得了在载体固定寡核苷酸及杂交法测序的国际专利。在这些技术储备的基础上，1994年在美国能源部防御研究计划署、俄罗斯科学院和俄罗斯人类基因组计划1000多万美元的资助下研制出了一种生物芯片，并用于检测尽地中海病人血样的基因突变，筛选了一百多个外地中海贫血已知的突变基因。这种生物芯片的基因译码速度比传统的Sanger和Maxax Gilbert法快1000倍，是一种有希望的快速测序方法。）cDNA。 用不同的荧光染料标记不同器官或组织的cDNA。 将标记好的cDNA与点好的芯片进行杂交。 激光扫描芯片杂交结果，计算机处理。 分析杂交数据。 微珠芯片技术 微珠芯片技术（beadarray）95%，PMT：600。 ⑤结果判读 用配套的Bactarray Analyzer软件系统分析荧光强度和比值，质量控制正常（阳性对照品：点样质控探针、阳性特异探针、细菌通用探针均有较明显的杂交信号；阴性对照品：点样质控探针阳性，无其他杂交信号；软件系统分析阴、阳性对照均正常)下，根据软件系统分析提示的细菌作为结果报告。 判断标准：探针杂交荧光信号平均值=探针杂交信号平均值-背景杂交信号平均值。 3.统计分析方法 以传统分离培养鉴定方法为金标准，采用配对X2检验进行统计学分析。 （二）基因芯片结果 1.基因芯片结果 以金黄色葡萄球菌为例，Bactarray Analyzer软件系统分析阴、阳性对照均正常，基因芯片检出阳性的标本特异探针及细菌通用探针有较明显的杂交信号，未检出的标本杂交信号不明显或无杂交信号。 2.基因芯片结果与常规细菌鉴定结果比较 86例临床标本中全自动血培养仪培养经转种至血平板，麦康凯平板鉴定，阳性74例，阴性18例，阳性率86.05%；基因芯片检测血培养阳性48例，阴性38例，阳性率55.81%。基因芯片结果与常规细菌鉴定结果差异有显著性意义。 参考文献： 现代分子生物学（第3版），朱玉贤、李毅、郑晓峰；高等教育出版社；P214-218 基因芯片法鉴定学培养标本中致病菌的临床评价，李林海等；南方医科大学学报；2009；29（10）：2070-2072 【3】 白东亭， 祁自柏。 基因芯片应用前景J 。 微生物学免疫学进展，2002, 30(4)： 100-6。 【4】 李国利， 庄玉辉， 赵铭，等。聚合酶链反应-反相斑点杂交鉴定分枝杆菌菌种J中华检验医学杂志,，2000, 23(4)： 241-3。 【5】 李慧卿，韩金祥。生物芯片在病原体检测中的应用J。国外医学:临床生物化学与检验学分册,，2002，23(1)：12-20。 【6】 Peplies J，Glckner FO，Amann R。Optimization strategies for DNA microarray-based detection of bacteria with 16S rRNA-targeting oligonucleotide probes J。Appl Environ Microbiol，2003, 69 (3)：1397-407. 【7】 黄正根，刘昕。应用16SrDNA检测致病菌的研究进展J。中华检验医学杂志，2005，28(6)：663-5。 【8】 李禾，徐琦，吴忠华，等。基因芯片技术检测3种肠道病原微生物方法的建立J 。生物技术通讯, 2007，18(3)：441-5。 【9】 肖光夏。全身性外科感染【M】// 吴在德。外科学.5 版.北京：人民卫生出版社，2000：185-8。 【10】 刘正祥，邹全明。基因芯片在病原微生物检测中的应用评价J。国外医学：临床生物化学与检验学分册，2003，24(2)：66-9。 【11】 白东亭，祁自柏，王军志。我国生物芯片产业化发展现状及存在问题J。中国生物制品学杂志，2004，17(5)：327-8。 【12】 蔡挺，李巧云等。基因芯片技术检测常见革兰阴性杆菌耐药基因的研究J。中华医院感染学杂志，2011,21（21）：4411-4414. 【13】 沈定霞，罗燕萍，张文利等。基因芯