RNA高通量组学课稿.ppt

* ?基因表达谱分析所采用的常用方法是聚类，其目的就是将基因分组。从数学的角度，聚类得到的基因分组，一般是组内各成员在数学特征上彼此相似，但与其它组中的成员不同。从生物学的角度，聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是，组内基因的表达谱相似，它们可能有相似的功能。 层次聚类法，在统计分析中也称为系统聚类法，原理和算法与系统发生树连锁构造方法类似，所不同的只是将所分析的数据由生物分子序列换成了这里的基因表达谱。该方法在基因表达谱聚类分析中是常用方法，它的优点是容易理解和实现，所得到的结果以树状图的形式表示，可以直观地观察基因之间的相互关系，尤其是类与类之间的关系。但是，基因表达谱的数量很多，往往要多于系统发生树分析时的物种数量，而且基因之间相互关系的信息也没有物种之间的多，所以，对聚类结果的后续分析要比系统发生树分析复杂得多。 /RNAi/MicroRNA/MicroRNA_Tools___Software/MicroRNA_Target_Scan/index.html 植物靶基因预测： /cgi/content/full/33/suppl_2/W701/DC1 动物靶基因预测： /cgi/content/full/34/suppl_2/W451 http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT/ 成熟miRNA序列的第2-8个碱基被称作“种子”序列，保守性很高。若在这一区域发生碱基突变，则可能改变miRNA的靶基因作用位点。我们通过将未注释上的小RNA序列与miRBase15.0中已知成熟miRNA序列进行比对(只允许在特定位点的错配)来找出发生了碱基突变的miRNA。 * Gene Ontology释一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表来全面描述生物体中基因和基因产物的属性。 GO总共有三个ontology，分别描述 基因的分子功能（molecular function） 所处的细胞位置（cellular component） 参与的生物过程（biological process） * 和GO分析一样，KEGG通路分析针对的也是候选靶基因。在生物体内，不同的基因相互协调形式不同的生物学功能，基于pathway的分析有助于进一步了解基因的生物学功能。KEGG释有关通路的主要数据库，通路显著性富集分析以KEGG中的通路为单位。 * 对比对出的已知miRNA进行家族分析，探索其所属的miRNA家族在其他物种中的存在情况。结果表格中“+”表示该miRNA家族在一物种中存在，“-”表示不存在。 * 数据集: GenBank, Rfam 软件: BLAST 参数: match percent = 90% * miRNA分析流程 寻找已知miRNA并进行差异分析、聚类分析等 寻找其他ncRNA，并分类为：rRNA、tRNA、siRNA、piRNA等 预测新的miRNA miRNA预测原理 + ... + Dicer Drosha 3 AGUGUGAACUCCAGAGUCCCU 5’ GUGUGAACUCCAGAGUCCCUU … GUGUGAACUCCAGAGUCC UGUGAACUCCAGAGUCCCU { 位移=3bp or genome genome hairpin hairpin Prediction 发卡结构上游高度保守的模序 miRNA位于发卡结构的两臂上 酶切位点保守性，一般偏移不超过3nt 发卡前体有较低的折叠自由能 miRNA预测软件：/projects/mireap prediction *.aln mireap Sample-m0167 chr1624122039:+ 80(nt) -54.60(kcal/mol) TTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGTCGTGGTCACAGCTTGCTGCAGACTCGACCTCCCAGGCTTAAGCAATC comparative-m0167 327 ((((((((((((((((((((.((.((((((((...((....))...)))))))).)).)))))))))))))))))))).. **********CTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGT*********************************************** comparative-m0167-5p 13 ************************************************CTGCAGACTCGACCTCCCAGGC*******