第五章序列的获取及提交.pptVIP

本地序列信息的编辑 Sequin也是一种很好的利用了NCBI数据模型的ASN.1编辑工具，而且在不久的将来会成为许多采用NCBI的序列分析工具的平台，因此，Sequin是可供选择的升级工具。 Sequin是一种ASN.1编辑器。用ASN.1数据描述语言写成的NCBI数据模型，可用来使相关信息在描述器或特征项中保持在一起，特征项是典型的生物概念（如：基因，编码区，RNAs，蛋白质），这些概念通常在一条序列中有一个位置（一个或多个间隔）。描述器可用于传送应用于多个序列的信息，这样避免了重复输入同一条信息的多个拷贝。 编码序列特征，或CDS，是DNA或RNA和蛋白质序列的联系，随同正确的翻译表一起, 在有效性中其正确定位占据了中心位置。 在mRNA中正确地找到开放的读框架通常是很简单的, 并且有多种工具可供利用 [ 如：NCBI的ORF查找器(见章末列表)]，而且在Sequin中是作为一个函数（如下）；从一个较高级的真核生物获得正确的CDS间隔就不那么容易了：必须连接不同的外显子序列，这涉及许多方法， (如果给定蛋白质序列和正确的遗传密码的话, Sequin中的推荐间隔函数可以计算CDS间隔)。 如通过互联网或Sequin。有效性检查包含CDS间隔中的起始和终止密码子，该间隔具有合法的外显子/内含子一致边界，用合适的遗传密码可将提供的氨基酸序列从指定的CDS中转换出来。 如何提交到