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聚类分析课堂例题 为了研究世界各国森林、草原资源的分布规律，共抽取了21个国家的数据，每个国家4项指标，原始数据见下表1。使用该原始数据对国别进行聚类分析。 表1 抽样数据表 国别 森林面积（万公顷） 森林覆盖率（%） 中国 11978 12.5 93.5 31908 美国 28446 30.4 202.0 23754 日本 2501 67.2 24.8 58 德国 1028 28.4 14.0 599 英国 210 8.6 1.5 1147 法国 1458 26.7 16.0 1288 意大利 635 21.1 3.6 514 加拿大 32613 32.7 192.8 2385 澳大利亚 10700 13.9 10.5 45190 前苏联 92000 41.1 841.5 37370 捷克 458 35.8 8.9 168 波兰 868 27.8 11.4 405 匈牙利 161 17.4 2.5 129 南斯拉夫 929 36.3 11.4 640 罗马尼亚 634 26.7 11.3 447 保加利亚 385 34.7 2.5 200 印度 6748 20.5 29.0 1200 印尼 2180 84.0 33.7 1200 尼日利亚 1490 16.1 0.8 2090 墨西哥 4850 24.6 32.6 7450 巴西 57500 67.6 238.0 15900 Matlab 解 答 Matlab提供了两种方法进行聚类分析。 一种是利用 clusterdata函数对样本数据进行一次聚类，其缺点为可供用户选择的面较窄，不能更改距离的计算方法； 另一种是分步聚类：（1）找到数据集合中变量两两之间的相似性和非相似性，用pdist函数计算变量之间的距离；（2）用 linkage函数定义变量之间的连接；（3）用 cophenetic函数评价聚类信息；（4）用cluster函数创建聚类。 1．Matlab中相关函数介绍 1.1 pdist函数 调用格式：Y=pdist(X,’metric’) 说明：用 ‘metric’指定的方法计算 X 数据矩阵中对象之间的距离。’ X：一个m×n的矩阵，它是由m个对象组成的数据集，每个对象的大小为n。 metric’取值如下： ‘euclidean’：欧氏距离（默认）；‘seuclidean’：标准化欧氏距离； ‘mahalanobis’：马氏距离；‘cityblock’：布洛克距离； ‘minkowski’：明可夫斯基距离；‘cosine’： ‘correlation’： ‘hamming’： ‘jaccard’： ‘chebychev’：Chebychev距离。 1.2 squareform函数 调用格式：Z=squareform(Y,..) 说明： 强制将距离矩阵从上三角形式转化为方阵形式，或从方阵形式转化为上三角形式。 1.3 linkage函数 调用格式：Z=linkage(Y,’method’) 说 明：用‘method’参数指定的算法计算系统聚类树。 Y：pdist函数返回的距离向量； method：可取值如下： ‘single’：最短距离法（默认）； ‘complete’：最长距离法； ‘average’：未加权平均距离法； ‘weighted’： 加权平均法； ‘centroid’： 质心距离法； ‘median’：加权质心距离法； ‘ward’：内平方距离法（最小方差算法） 返回：Z为一个包含聚类树信息的（m-1）…]=dendrogram(Z,p，…) 说明：生成只有顶部p个节点的冰柱图（谱系图）。 1.5 cophenet函数 调用格式：c=cophenetic(Z,Y) 说明：利用pdist函数生成的Y和linkage函数生成的Z计算cophenet相关系数。 1.6 cluster 函数 调用格式：T=cluster(Z,…) 说明：根据linkage函数的输出Z 创建分类。 1.7 clusterdata函数 调用格式：T=clusterdata(X,…) 说明：根据数据创建分类。 T=clusterdata(X,cutoff)与下面的一组命令等价： Y=pdist(X,’euclid’); Z=linkage(Y,’single’); T=cluster(Z,cutoff); 2. Matlab程序 2.1 一次聚类法 X=[11978 12.5 93.5 31908;…;57500 67.6 238.0 15900]; T=clusterdata(X,0.9)