基因组学-总结.docVIP

1.1.DNA顺序复杂性DNA总长称为复杂性。复杂性代表了一个物种基因组的基本特征，可通过DNA复性动力学来表示。 1.2.基因的1.3.反义基因1.4.假基因: 与有功能的基因在核苷酸顺序的组成上非常相似，却不具正常功能的基因。假基因是相应的正常基因在染色体的不同位置上的复制品，由于突变积累的结果而丧失活性。假基因都是在真核生物的基因组中发现的，在原核生物中未见报道 2.1.DNA标记的类型SNP. 2.2.RFLP（限制性片段长度多态性）特点:2.3. 部分连锁与遗传作图：交换是随机的，两个相近的基因发生交换的概率要比两个相远发生交换的概率要大，因此通过重组率的确定可以相对确定两个基因的位置。由此可以进行基因的遗传作图。 3.1．分子信标的结构： 3.3.PRET(激光共振能量转移)：受激发荧光素的能量转移到邻近的另一荧光素，并不发射荧光而使激发荧光素回复基态时的现象。 3.4.原位杂交：靶子为完整的染色体，由杂交信号提供作图信号，DNA变性时不破坏染色体自然形态，原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。 3.5. 顺序标签位点或STS（sequence tagged site）为一段长度100－500BP的单一DNA顺序，易于分辨。寻找方法 实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装 超声波打断纯化的基因组DNA--琼脂糖电泳收集1.6～2.0Kb的区段、纯化--构建到质粒载体中--随机挑选19687个克隆,进行28643次测序,得到可读顺序为11 631 485 bp--组装成140个覆盖全基因组范围的独立的顺序重叠群 4.2 限制测序:是指将一段染色体区段的DNA 顺序进行组装. 两种策略的比较 鸟枪法策略 指导测序 不需背景信息 构建克隆群 (遗传、物理图谱) 时间短 需要几年的时间 需要大型计算机 得到的是草图(Draft) 得到精细图谱 1) BAC末端序列(BAC-end sequenced) ：一个BAC克隆插入片段两端的已测序的序列,不包括内部序列。可用于确定BAC的排列方向以及重叠群(contig)在支架(scaffold)中的排列方向。 2) 重叠群(contig) ：一群相互重叠的克隆或DNA序列，可以是草图序列或精确序列, 包括连续的(内部无间隙)或不连续的(内部含间隙)DNA序列。 3) 支架(scaffold)：一组已锚定在染色体上的重叠群，内部含间隙或不含间隙。 5.1寻找基因:1)计算机分析寻找与基因有关的序列。(1)根据开放读码框预测基因:a.起始密码子ATG; b. 终止密码子;终止密码子: TAA, TAG,TGA; 2)通过对DNA序列进行实验分析，看其能否表达基因产物。 (1). Northern 杂交确定DNA片段是表达序列：（2). 由EST或cDNA指认基因；（）cDNA序列；（4.确定DNA顺序中基因的位置 5.2同源基因 查询: 通过已存入数据库中的基因序列与待查的基因组序列进行比较，从中查找可与之匹配的碱基序列及其比例，用于界定基因的方法称为同源查询。同源有如下几种情况：A. DNA序列某些片段完全相同；B. 开放读码框排列类似，如有等长外显子；C. 开放读码框翻译成的氨基酸序列的相同；D. 模拟多肽高级结构相似。 原理：主要依据同源性比较，同源性反应出进化关系。 5.4.同源重组不是唯一的打断基因的方法.另一种方法是用转座子标记技术,通过向基因中插入转座元件或转座子使其失活。 5.5.突变库构建 1) 利用天然的DNA转座子构建表达载体，转化受体细胞, 当转座子活化时可被动转座并随机插入受体细胞基因组引起突变. 2) 观测突变再生植株的表型变化, 分离与克隆插入突变基因的结构与功能. 5.6. RNAi是一种完全不同的基因失活方法，它并不打断基因本身，而是破坏其mRNA 6.1结构域: 温和条件下提取真核生物中期染色体，除去大部分结合蛋白质后，可在电子显微镜下见到从致密的蛋白质骨架向外延伸的DNA环，间期DNA环的两端附着在细胞核基质上，除去组蛋白后也有DNA环从细胞核向外突出，称结构域 6.2.isochore(等高线): 指连续分布的具有相似碱基组成的DNA区域，它们在基因组中成片镶嵌排列。 6.3.密码子偏好性不同生物内氨基酸可能用不同的密码子6.4.基因内的基因内的一部分基因编码6.5.CpG岛 6.6. 串接重复