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蛋白质组学 152310016 郑彩云 背 景 基因数量有限性和基因结构的相对稳定性 VS 生命现象的复杂性和多变性 从genomic到proteome 对蛋白质的数量、结构、性质、相互关系和生物学功能进行全面深入的研究，其已成为生命科学研究的迫切需要和重要任务。 主要内容 一、蛋白质组学的概念 二、主要研究内容 二、蛋白质组学的发展进展 三、蛋白质组学的相关技术及应用 蛋白质组和蛋白质组学的概念 蛋白质组（proteome）：基因组表达的所有蛋白质。 1994年由Williams和Wilkins提出,指的是不同细胞在不同时相表达不同的蛋白质。 对应于基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 同一基因组在不同细胞、不同组织中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的整体。 蛋白质组学(proteomics) 指应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律。 主要研究内容 1、了解某种特定的细胞、组织或器官制造的蛋白质种类 2、明确各种蛋白质分子是如何形成类似于电路的网络的 3、描绘蛋白质的精确三维结构，揭示其结构上的关键部位，如与药物结合并且决定其活性的部位。 与基因组学的关系 The study of proteins expressed by genomes Completion of the sequencing of the 1st draft of human genome indicates there are approximately 250,000 proteins in the human genome Only 2-5% of proteins in human genome have been identified 蛋白质组学的发展进展 1996年澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组研究中心（Australia Proteome Analysis Facility，APAF） 美国国立癌症研究院（NCI）投资1000万美元建立肺、直肠、乳腺、卵巢肿瘤的蛋白质组数据库。 NCI和FDA共同投资数百万美元建立癌症不同阶段的蛋白质组数据库。 英国建立三个蛋白质组研究中心对已完成或即将完成全基因组测序的生物体进行蛋白质组研究。 Celera公司投资上亿美元独自启动了全面鉴定和分类汇总人类组织、细胞和体液中的蛋白质及其异构体，构建新一代的蛋白质表达数据库的工作。 我国也于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组学研讨会 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届、第二届及第三届学术大会，2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议。 科技部已将疾病蛋白质组研究列入我国“973”计划项目和“863”计划项目；国家自然科学基金委员会也将“蛋白质组研究”列为重点项目。 我国在鼻咽癌、白血病、肝癌和肺癌蛋白质组研究方面取得了较大的进展。 蛋白质组学的相关技术及应用 双向电泳技术： 原理：双向电泳（two-dimensional electrophoresis,2-DE）是等电聚焦电泳和SDS的组合，即先进行等电聚焦电泳（按照等电点分离），然后再进行SDS（按照分子大小），经染色得到的电泳图是个二维分布的蛋白质图。 等电聚焦电泳：蛋白质分子具有两性解离及等电点的特征，等电点是蛋白质组分的特性量度，将等电点不同的蛋白质混合物加入有pH梯度的凝胶介质中，在电场内经过一定时间后，各组分将分别聚焦在各自等电点相应的pH位置上，形成分离的蛋白质区带。 SDS：仅根据蛋白质亚基分子量的不同分开蛋白质。在样品介质和丙烯酰胺凝胶中加入离子去污剂和强还原剂（SDS即十二烷基硫酸钠）后，蛋白质亚基的电泳迁移率主要取决于亚基分子量的大小。 双向电泳流程图 样品制备： 样品制备主要包括溶解、变性、还原等步骤, 以充分破坏蛋白质之间的相互作用, 并同时除去其中的非蛋白质组分如核酸等。 (1) 细胞培养、处理和收集； (2) 将细胞在 IEF 裂解缓冲液中溶解 (3) 将样品离心以去除不溶的细胞碎片和 DNA ，提取上 清， -80 ℃保存。 等点聚焦（IEF） IPG 胶条平衡 胶条由一向转移到二向必须进行胶条平衡，目的主要是进行蛋白质的烷基化及让电泳介质达到与二向SDS相同的缓冲体系。烷基化的目的是对蛋白质自由巯基进行修饰，是断开的二硫键不会再重新形成。 SDS - PAGE 在恒温下进行,一般采用1. 5～1mm厚的聚丙