三、受累同胞对数据分析.ppt

定性性状的连锁研究 一、outline IBD/IBS介绍 受累同胞对分析(Affected Sib-pair) 受累亲属对分析(Affected relative-pair) 一、outline IBD/IBS介绍 受累同胞对分析(Affected Sib-pair) 受累亲属对分析(Affected relative-pair) 二、IBD/IBS介绍 IBD (identical by descent):来源同一，指的是子代中共有的一段DNA区域或共有的等位基因来源于一个共同的祖先。 An allele is shared by two family members (e.g. siblings, uncle-niece). It can be elucidated that this allele was transmitted from a common ancestor. 二、IBD/IBS介绍 IBS (identical by state):状态同一，只考虑家系成员之间遗传标记或等位基因的相似性，而不管其是否来源于一个共同的祖先，也不需进行亲代的等位基因分型。 An allele is shared by two family members (e.g. siblings, uncle-niece). Although the allele is of the same type , they may or may not share this allele from a common ancestral chromosome. 二、IBD/IBS介绍 二、IBD/IBS介绍 二、IBD/IBS介绍 二、IBD/IBS介绍 二、IBD/IBS介绍 二、IBD/IBS介绍－缺失数据 二、IBD/IBS介绍－缺失数据 二、IBD/IBS介绍－缺失数据 对于上面的群体，等位2的频率为0.25，等位3的频率为0.5。根据2、3的等位频率可以计算出两种可能的基因型的相对频率: P(父亲基因型为1/2)=0.25/(0.5+0.25)=0.333 P(父亲基因型为1/3)=0.5/(0.5+0.25)=0.667 二、IBD/IBS介绍－缺失数据 P(父亲基因型为1/2)=0.25/(0.5+0.25)=0.333 P(父亲基因型为1/3)=0.5/(0.5+0.25)=0.667 计算出IBD=0,1,2概率： P(IBD=0)=0.333*0+0.667*1=0.667 P(IBD=1)=0.333*1+0.667*0=0.333 P(IBD=2)=0.333*0+0.667*0=0 二、IBD/IBS介绍-扩展家系 一、outline IBD/IBS介绍 受累同胞对分析(Affected Sib-pair) 受累亲属对分析(Affected relative-pair) 三、受累同胞对数据分析 受累同胞对分析(Affected Sib-Pair, ASP):通过确定的父母和受累（非受累）后代的基因型数据能够确定多个受累个体的同胞关系，只有孩子具有表型。 当父母的表型有缺失时，可以使用非受累后代与受累的后代在同胞对之间比较共享的等位。 三、受累同胞对(ASP)数据分析 ASP分析的三种抽样方法： 1.同胞对都患病； 2.同胞对一个患病，一个正常； 3.同胞对都正常 三、受累同胞对(ASP)数据分析 观察两个受累同胞对标记等位 的遗传特性。如果疾病与标记 有关，那么在同胞之间有相似 的基因型。 利用同胞对之间共享的IBD的数目来衡量基因型的相似性。 三、受累同胞对(ASP)数据分析 假设父代在标记位点的基因型分别为 (g1,g2) 和 (g3,g4).假定sib1的基因型为(g1,g3). Pr(sib2 has allele g1) = Pr(sib2 has allele g2) = 0.5 Pr(sib2 has allele g3) = Pr(sib2 has allele g4) = 0.5 Pr(sib2 has (g1,g3)) = Pr(IBD=2) = 0.52 = 0.25 Pr(sib2 has (g2,g4)) = Pr(IBD=0) = 0.52 = 0.25 Pr(sib2 has (g1,g4)) = Pr(sib2 has (g2,g3)) = 0.52 = 0.25 Pr(IBD=1) = Pr(sib2 has (g1,g4)) + Pr(sib2 has (g2,g3)) = 0.5 三、受累同胞对(ASP)数据分析 根据孟德尔分离法则同胞对共享情况如下： Both marker alleles ? 0.25 One marker