中国地方鸡种核酸数据库建设与功能设计.ppt

中国地方鸡种核酸数据库建设与功能设计 汇报人：白云峰 副研究员 单 位：江苏省农业科学院 汇 报 内 容 研究意义与目的 中国地方鸡种核酸序列数据库初步建设 数据获取 数据库构成 数据分析 系统功能设计 核酸序列特征一般分析 核酸序列相似性搜索 系统发生分析 系统演示 未来展望 研 究 意 义 中国是世界上生物多样性最丰富国家之一，地方鸡种是我国具有战略意义的独特资源。亟需构建该领域拥有自身特色和自主知识产权的，与国际主流生物信息数据库接轨的专业二级数据库。 当前，农业生物信息数据库主要集中在英、美、日等发达国家。我国大多生物学数据库只能提供镜像和索引服务，无自主知识产权，独立开发并能提供丰富资源和工具的生物信息数据库平台仍很缺乏。 目前国内关于医疗和制药领域的生物信息数据库较多，而高质量的农业生物信息数据库数量较少，尚无我国专门化的地方鸡种生物信息数据库系统。 生物信息数据库分布分散且格式不统一，将独立的、分散的农业生物信息数据库信息整合，使农业生物信息数据库集成化和标准化。 中国地方鸡种核酸序列数据库初步建设 数据获取方面 基于Agent智能代理本地化数据获取程序； 863合作单位数据提供与数据校验； 数据分析 数据完整性分析 数据特征特征值扫描 地方鸡种数据筛选 中国地方鸡种核酸序列数据库初步建设 数据标准化 基于XML中国地方鸡种核酸序列元数据模型； 自定义中国地方鸡种数据结构； 数据转导 与国际主流数据文件格式的兼容 完成中国地方鸡种核酸序列数据库结构设计 系 统 功 能 设 计 目标序列分析（以白银耳鸡1条序列AF128321作为本系统分析处理结果示例） 功能设计3个层次： 序列组成统计特征分析； 本地化序列相似性搜索 系统发生分析 核酸序列组成统计特征分析 密码子计数 核苷酸统计 转换成互补序列 互补统计 核苷酸组成统计作图 二聚体统计 密码子使用偏性 CpG岛 短序列匹配 绘制热红外分布图 识别开发阅读框ORFs 翻译成对应氨基酸序列 待分析序列 ttgttctcaactacgggaacaattttattttttaacctaactcccctactaagtgtaccccccctttcccccccagggggggtatactatgcataatcgtgcatacatttatataccacatatattatggtaccggtaatatatactatatatgtactaaacccattatatgtatacgggcattaatctatattccacatttctcccaatgtccattctatgcatgatccaagacatactcattcaccctccccatagacagttctaaaccactatcaagccacctaactatgaatggttacaggacataaatctcactctcatgctctccccctaacaagtcacctaactatgaatggttacaggacatacatttaactaccatgttctaacccatttggttatgctcgccgtatcagatggatttattgatcgtccacctcacgagagatcagcaacccctgcctgtaatgtacttcatgaccagtctcaggcccattctttccccctacacccctcgccctacttgccttccaccg 密码子计数结果 AAA: 1 AAC: 5 AAG: 0 AAT: 2 ACA: 7 ACC: 3 ACG: 1 ACT: 6 AGA: 2 AGC: 1 AGG: 1 AGT: 2 ATA: 4 ATC: 2 ATG: 4 ATT: 5 CAA: 1 CAC: 5 CAG: 0 CAT: 8 CCA: 8 CCC: 10 CCG: 1 CCT: 1 CGA: 1 CGC: 1 CGG: 0 CGT: 1 CTA: 10 CTC: 2 CTG: 1 CTT: 2 GAA: 0 GAC: 0 GAG: 1 GAT: 1 GCA: 1 GCC: 3 GCG: 0 GCT: 2 GGA: 2 GGC: 1 GGG: 3 GGT: 2 GTA: 6 GTC: 2 GTG: 0 GTT: 2 TAA: 5 TAC: 4 TAG: 1 TAT: 9 TCA: 5 TCC: 3 TCG: 2 TCT: 6 TGA: 3 TGC: 2 TGG: 1 TGT: 2